| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,412,792 | T→C | 5.6% | L182P (CTG→CCG) ‡ | PP_3020 → | serine/threonine protein phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,412,792 | 0 | T | C | 5.6% | 801.6 / 21.5 | 249 | L182P (CTG→CCG) ‡ | PP_3020 | serine/threonine protein phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (105/129); new base C (8/6); total (114/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
GTAGGCCTGCTGCATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGCCAGATGCAG > NC_002947/3412644‑3412941 | gTAGGCCTGCTGCATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGACAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTg > 2:5760846/1‑150 (MQ=255)gTAGGCCTGCTGCATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTg > 2:5537832/1‑150 (MQ=255) ggCCTGCTGCATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGa < 1:5080606/150‑1 (MQ=255) ctgctgCATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGcc < 2:1746991/150‑1 (MQ=255) tgctgcATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGccc < 2:747647/150‑1 (MQ=255) tgctgcATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGccc < 2:216283/150‑1 (MQ=255) tgctgcATGCAGACAGCCCGTGTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGccc < 2:868851/150‑1 (MQ=255) ctgcATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCTCGCAGGCCctg < 1:2721030/150‑1 (MQ=255) 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aaCCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGcc > 2:47987/1‑150 (MQ=255) aCCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGccc > 1:1551685/1‑150 (MQ=255) ggTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCgg < 1:3239004/150‑1 (MQ=255) tGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGc < 1:2226019/150‑1 (MQ=255) gCAGGGCTCGCAGGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGcc > 1:6127902/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) cTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGCCAGATgca < 1:5726463/150‑1 (MQ=255) | GTAGGCCTGCTGCATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGCCAGATGCAG > NC_002947/3412644‑3412941 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |