Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,412,796 | A→G | 5.8% | R183R (CGA→CGG) ‡ | PP_3020 → | serine/threonine protein phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,412,796 | 0 | A | G | 5.8% | 774.2 / 22.6 | 243 | R183R (CGA→CGG) ‡ | PP_3020 | serine/threonine protein phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (105/123); new base G (8/6); total (113/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.64e-01 |
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
GGCCTGCTGCATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGCCAGATGCAGCAAC > NC_002947/3412647‑3412945 | ggCCTGCTGCATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGa < 1:5080605/150‑1 (MQ=255) ggCCTGCTGCATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGa < 1:5832976/150‑1 (MQ=255) tgctgcATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGccc > 2:2226019/1‑150 (MQ=255) tgctgcATGCAGACAGCCCGTGTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGccc < 2:868851/150‑1 (MQ=255) ctgcATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCTCGCAGGCCctg < 1:6155391/150‑1 (MQ=255) gcatgcaGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCctgct < 2:2105906/150‑1 (MQ=255) gcatgcaGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGAGCAGGGCTCGCAGGCCctgca < 1:2626544/150‑2 (MQ=255) gcatgcaGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACACTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCctgct < 2:6513995/150‑1 (MQ=255) catgcaGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCctgctg < 1:2124311/150‑1 (MQ=255) catgcaGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCctgctg < 2:3972433/150‑1 (MQ=255) atgcaGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCTCGCAGGCCctgcacc < 1:3589739/150‑4 (MQ=255) atgcaGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTgg < 2:1201246/150‑1 (MQ=255) atgcaGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTgg > 1:5538445/1‑150 (MQ=255) caGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCTCGCAGGCCctgcaccggt < 1:4573141/150‑7 (MQ=255) aCAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGcc < 2:81112/150‑1 (MQ=255) cGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACAccc > 2:5490805/1‑150 (MQ=255) tttGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCg < 2:1699137/150‑1 (MQ=255) gCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTg < 1:6118795/150‑1 (MQ=255) 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gagGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTg < 2:4549809/150‑1 (MQ=255) gggggACACCCAACCGGTGCAGGGCCGGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGGGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCAGTTCACCTTGGTCGACAGGCGCACCTTGca > 2:6829076/1‑150 (MQ=255) ggggACACCTCACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGGGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTGCACCGTGGTCGCCATGCGCACCGTGcac > 2:4884345/1‑149 (MQ=255) ggggACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGcaa < 2:6121133/150‑1 (MQ=255) ggggACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGcaa < 2:6615330/150‑1 (MQ=255) gggACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGcaac < 2:4871429/150‑1 (MQ=255) ggACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGcaaca > 1:1413611/1‑150 (MQ=255) gACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGcaacaa > 2:4659062/1‑150 (MQ=255) cacCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGt < 1:5877043/150‑1 (MQ=255) acCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTc > 1:6835306/1‑150 (MQ=255) cccAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCa < 1:6202710/150‑1 (MQ=255) cAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGc > 2:6050045/1‑150 (MQ=255) cAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGc > 1:6539319/1‑150 (MQ=255) aaCCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGcc > 2:2158623/1‑150 (MQ=255) aaCCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGcc > 2:6851626/1‑150 (MQ=255) aCCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGccc > 1:1551685/1‑150 (MQ=255) ggTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCgg < 2:3532750/150‑1 (MQ=255) ccagCAGGGCTCGCAGGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCgg > 1:986202/4‑150 (MQ=255) tGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGc > 1:4947485/1‑150 (MQ=255) tGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGc < 1:2226019/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGCCAGATgca < 1:5718528/150‑1 (MQ=255) | GGCCTGCTGCATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGCCAGATGCAGCAAC > NC_002947/3412647‑3412945 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |