| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,427,802 | C→T | 5.3% | A323V (GCT→GTT) ‡ | PP_3038 → | TraC domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,427,802 | 0 | C | T | 5.3% | 896.0 / 23.9 | 280 | A323V (GCT→GTT) ‡ | PP_3038 | TraC domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (126/139); new base T (8/7); total (134/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
CAATGCTGCGGTGGTTGTGGGTGGCCAGGTAGTCGGCCCGATCTTCTCGGCTGAGCGTGAGGTTAAATGGACCGACTTCAACGACCTGCATTGCGCTGAAGGCCTTGAGGCCGTTCGCCGGCAAGTCACGGCAGTGATCAAGCCACCGGCTACCGGTGGCTGGAAGGACATGCTGGCCAGGACTGAGAGTGGTGCCCTGATCGCCCATATGCAGAACGTCGAACTGATCCTGGCCAATGATGAGCGCTGGAGCGGGGTGATCGGTTACAACGCCTTCAGCTCCAAGATCATGCGCCTTC > NC_002947/3427653‑3427951 | caaTGCTGCGGTGGTTGTGGGTGGCCAGGTAGTCGGCCCGATCTCCTCGGCTGAGCGTGAGGTTAAATGGACCGACTTCAACGACCTGCATTGCGCTGAAGGCCTTGAGGCCGTTCGCCGGCAAGTCACGGCAGTGATCAAGCCACCGGc < 1:4106422/150‑1 (MQ=255) gtggtTGTGGGTGGCCAGGTAGTCGGCCCGATCTTCTCGGCTGAGCGTGAGGTTAAATGGACCGACTTCAACGACCTGCATTGCGCTGAAGGCCTTGAGGCCGTTCGCCGGCAAGTCACGGCAGTGATCAAGCCACCGGCTACCGGTGGc < 2:766938/150‑1 (MQ=255) tggtTGTGGGTGGCCAGGTAGTCGGCCCGATCTTCTCGGCTGAGCGTGAGGTTAAATGGACCGACTTCAACGACCTGCATTGCGCTGAAGGCCTTGAGGCCGTTCGCCGGCAAGTCACGGCAGTGATCAAGCCACCGGCTACCGGTGGCt < 2:5051546/150‑1 (MQ=255) 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gATCAAGCCACCGGCTACCGGTGGCTGGAAGGACATGCTGGCCAGGACTGAGAGTGGTGCCCTGATCGCCCATATGCAGAACGTCGAACTGATCCTGGCCAATGATGAGCGCTGGAGCGGGGTGATCGGTTACAACGCCTTCAGCTCCaa < 1:2828051/150‑1 (MQ=255) gATCAAGCCACCGGCTACCGGTGGCTGGAAGGACATGCTGGCCAGGACTGAGAGTGGTGCCCTGATCGCCCATATGCAGAACGTCGAACTGATCCTGGCCAATGATGAGCGCTGGAGCGGGGTGATCGGTTACAACGCCTTCAGCTCCaa < 1:794088/150‑1 (MQ=255) ttccaGCCACCGGCTACCGGTGGCTGGAAGGACATGCTGGCCAGGACTGAGAGTGGTGCCCTGATCGCCCATATGCAGAACGTCGAACTGATCCTGGCCAATGATGAGCGCTGGAGCGGGGTGATCGGTTACAACGCCTTCAGCTCCAAg > 1:145812/5‑150 (MQ=255) ttCAAGCCACCGGCTACCGGTGGCTGGAAGGACATGCTGGCCAGGACTGAGAGTGGTGCCCTGATCGCCCATATGCAGAACGTCGAACTGATCCTGGCCAATGATGAGCGCTGGAGCGGGGTGATCGGTTACAACGCCTTCAGCTCCAAg > 1:2257422/2‑150 (MQ=255) tCAAGCCACCGGCTACCGGTGGCTGGAAGGACATGCTGGCCAGGACTGAGAGTGGTGCCCTGATCGCCCATATGCAGAACGTCGAACTGATCCTGGCCAATGATGAGCGCTGGAGCGGGGTGATCGGTTACAACGCCTTCAGCTCCAAGa > 1:5049832/1‑150 (MQ=255) aGCCACCGGTAGCCGGTGGCTGGAAGGACATGCTGGCCAGGACTGAGAGTGGTGCCCTGATCGCCCATATGCAGAACGTCGAACTGATCCTGGCCAATGATGAGCGCTGGAGCGGGGTGATCGGTTACAACGCCtt > 2:6358993/1‑136 (MQ=255) gCCACCGGCTACCGGTGGCTGGAAGGACATGCTGGCCAGGACTGAGAGTGGTGCCCTGATCGCCCATATGCAGAACGTCGAACTGATCCTGGCCAATGATGAGCGCTGGAGCGGGGTGATCGGTTACAACGCCTTCAGCTCCAAGATCAt < 2:3307745/150‑1 (MQ=255) ccACCGGTAGCCGGTGGCTGGAAGGACATGCTGGCCAGGACTGAGAGTGGTGCCCTGATCGCCCATATGCAGAACGTCGAACTGATCCTGGCCAATGATGAGCGCTGGAGCGGGGTGATCGGTTACAACGCCTTCAGCTCCAAGATCATg > 2:810578/1‑150 (MQ=255) cACCGGCTACCGGTGGCTGGAAGGACATGCTGGCCAGGACTGAGAGTGGTGCCCTGATCGCCCATATGCAGAACGTCGAACTGATCCTGGCCAATGATGAGCGCTGGAGCGGGGTGATCGGTTACAACGCCTTCAGCTCCAAGATCATgc < 2:2624238/150‑1 (MQ=255) cACCGGCTACCGGTGGCTGGAAGGACATGCTGGCCAGGACTGAGAGTGGTGCCCTGATCGCCCATATGCAGAACGTCGAACTGATCCTGGCCAATGATGAGCGCTGGAGCGGGGTGATCGGTTACAACGCCTTCAGCTCCAAGATCATgc > 1:172717/1‑150 (MQ=255) cACCGGCTACCGGTGGCTGGAAGGACATGCTGGCCAGGACTGAGAGTGGTGCCCTGATCGCCCATATGCAGAACGTCGAACTGATCCTGGCCAATGATGAGCGCTGGAGCGGGGTGATCGGTTACAACGCCTTCAGCTCCAAGATCATgc < 2:4377408/150‑1 (MQ=255) aCCGGCTACCGGTGGCTGGAAGGACATGCTGGCCAGGACTGAGAGTGGTGCCCTGATCGCCCATATGCAGAACGTCGAACTGATCCTGGCCAATGATGAGCGCTGGAGCGGGGTGATCGGTTACAACGCCTTCAGCTCCAAGATCATgcg > 2:1730909/1‑150 (MQ=255) cTACCGGTGGCTGGAAGGACATGCTGGCCAGGACTGAGAGTGGTGCCCTGATCGCCCATATGCAGAACGTCGAACTGATCCTGGCCAATGATGAGCGCTGGAGCGGGGTGATCGGTTACAACGCCTTGAGCTCCAAGATCATGCGCCTTc < 1:5320138/150‑1 (MQ=255) cTACCGGTGGCTGGAAGGACATGCTGGCCAGGACTGAGAGTGGTGCCCTGATCGCCCATATGCAGAACGTCGAACTGATCCTGGCCAATGATGAGCGCTGGAGCGGGGTGATCGGTTACAACGCCTTCAGCTCCAAGATCATGCGCCTTc < 1:4172735/150‑1 (MQ=255) cTACCGGTGGCTGGAAGGACATGCTGGCCAGGACTGAGAGTGGTGCCCTGATCGCCCATATGCAGAACGTCGAACTGATCCTGGCCAATGATGAGCGCTGGAGCGGGGTGATCGGTTACAACGCCTTCAGCTCCAAGATCATGCGCCTTc < 2:6703958/150‑1 (MQ=255) cTACCGGTGGCTGGAAGGACATGCTGGCCAGGACTGAGAGTGGTGCCCTGATCGCCCATATGCAGAACGTCGAACTGATCCTGGCCAATGATGAGCGCTGGAGCGGGGTGATCGGTTACAACGCCTTCAGCTCCAAGATCATGCGCCTTc < 1:6755277/150‑1 (MQ=255) | CAATGCTGCGGTGGTTGTGGGTGGCCAGGTAGTCGGCCCGATCTTCTCGGCTGAGCGTGAGGTTAAATGGACCGACTTCAACGACCTGCATTGCGCTGAAGGCCTTGAGGCCGTTCGCCGGCAAGTCACGGCAGTGATCAAGCCACCGGCTACCGGTGGCTGGAAGGACATGCTGGCCAGGACTGAGAGTGGTGCCCTGATCGCCCATATGCAGAACGTCGAACTGATCCTGGCCAATGATGAGCGCTGGAGCGGGGTGATCGGTTACAACGCCTTCAGCTCCAAGATCATGCGCCTTC > NC_002947/3427653‑3427951 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |