Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,615,262 | G→T | 5.3% | intergenic (‑38/+18) | PP_3183 ← / ← mcoA | SCO1/SenC family protein/Mn(II) copper oxidase A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,615,262 | 0 | G | T | 5.3% | 920.0 / 26.0 | 271 | intergenic (‑38/+18) | PP_3183/mcoA | SCO1/SenC family protein/Mn(II) copper oxidase A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (124/132); new base T (8/7); total (132/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
CCCAGGGAGAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑CATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCGTGGCAGT > NC_002947/3615113‑3615411 | cAGGGAGAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑CATggc > 1:1175205/1‑150 (MQ=255) ggAGAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑CATggcggc < 1:1052721/150‑1 (MQ=255) gagaGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑CATGGCGGcc < 1:5417986/150‑1 (MQ=255) 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ttGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑CATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTg > 2:5835896/1‑150 (MQ=255) cAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑CATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCa < 1:3266909/150‑1 (MQ=255) gCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑CATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTc > 1:5271461/1‑150 (MQ=255) cAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑CATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTg > 2:5656446/1‑150 (MQ=255) cAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑CATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTg > 1:4192320/1‑150 (MQ=255) 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cgAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑CATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCAcc < 1:2327813/150‑1 (MQ=255) gAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑CATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCg > 2:4958841/1‑150 (MQ=255) aacaacGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑CATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGt < 1:1511007/150‑1 (MQ=255) acaacGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑CATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTg < 2:3599588/150‑1 (MQ=255) caacGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑CATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGa < 1:6101807/150‑1 (MQ=255) 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tGATGGGGGCCG‑CATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGcccc > 1:3470568/1‑150 (MQ=255) tGATGGGGGCCG‑CATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGcccc < 1:372799/150‑1 (MQ=255) aaagcggggCCGCCATGCGGCCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATGTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGccc > 2:3285644/6‑150 (MQ=255) aaagcggggCCG‑CCATGCGGCCCCGCTTTTCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCCCCAACCGGcccc > 1:6627594/6‑150 (MQ=255) gcggggCCG‑CCATGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCggtg > 1:276251/3‑118 (MQ=255) gggCCG‑CCATGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGt > 1:3637148/1‑150 (MQ=255) gggCCG‑CATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGt > 2:5165545/1‑150 (MQ=255) gCCG‑CATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCg > 2:3757564/1‑150 (MQ=255) gCCG‑CATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCg > 1:5872868/1‑150 (MQ=255) ccG‑CATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCGt < 2:6493339/150‑1 (MQ=255) 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ggcggcCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCGTGGCAGt < 1:4029980/150‑1 (MQ=255) | CCCAGGGAGAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCG‑CATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCGTGGCAGT > NC_002947/3615113‑3615411 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |