| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 3,716,892 | G→A | 5.3% | A27A (GCC→GCT) | paaB ← | ring 1,2‑phenylacetyl‑CoA epoxidase regulatory subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,716,892 | 0 | G | A | 5.3% | 960.6 / 26.0 | 300 | A27A (GCC→GCT) | paaB | ring 1,2‑phenylacetyl‑CoA epoxidase regulatory subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (148/135); new base A (3/13); total (151/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.94e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
ACCTTGTCGTCCGAGGGGGCGAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGTTGCTTGCGCGCATAGGCCACT > NC_002947/3716743‑3717040 | ccTTGTCGTCCGAGGGGGCGAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATcggcgg < 1:1360416/150‑1 (MQ=255) cTTGTCGTCCGAGGGGGCGAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCggcggc < 1:6187980/150‑1 (MQ=255) tGTCGTCCGAGGGGGCGAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGt < 1:6331570/150‑1 (MQ=255) gtcgtcCGAGGGGGCGAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTg > 1:5808826/1‑150 (MQ=255) gtcgtcCGAGGGGGCGAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTg > 1:531194/1‑150 (MQ=255) tcgtcCGAGGGGGCGAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGc < 1:5721678/150‑1 (MQ=255) gtcCGAGGGGGCGAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCAc > 1:3916110/1‑150 (MQ=255) gtcCGAGGGGGCGAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCAc > 2:2359659/1‑150 (MQ=255) gtcCGAGGGGGCGAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCAc > 1:1420268/1‑150 (MQ=255) gggCGAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGa > 2:5311278/1‑150 (MQ=255) gAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATg > 1:254839/1‑150 (MQ=255) aCAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGtt > 2:6562973/1‑150 (MQ=255) cAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGttt < 2:6839173/150‑1 (MQ=255) aGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTtg > 2:1803107/1‑150 (MQ=255) gCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTtgt > 1:3689531/1‑150 (MQ=255) gCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTtgt > 1:2740400/1‑150 (MQ=255) gCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTtgt < 1:5181356/150‑1 (MQ=255) gggTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCAGGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTgg < 2:2068013/150‑1 (MQ=255) ggTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGt > 1:2954327/1‑150 (MQ=255) tCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTa > 1:5137325/1‑150 (MQ=255) ttCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAgg < 2:2993759/150‑1 (MQ=255) tctcGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGc > 2:6444824/1‑150 (MQ=255) tctcGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGc > 2:905380/1‑150 (MQ=255) 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ctcGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCt > 1:719407/1‑150 (MQ=255) ctcGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCt < 2:3607087/150‑1 (MQ=255) gATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACCTGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGtt > 1:3020152/1‑150 (MQ=255) ggCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGttgct > 1:447395/1‑150 (MQ=255) ccATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGttgcttg > 2:4505758/1‑150 (MQ=255) 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ACCTTGTCGTCCGAGGGGGCGAACAGCGGGTCTTTCTCGTCGGGAGAGGAGGCGGTGATCAGCGCCGAAGGCACCACCCACAGACTCACACCTTCGCTACGGCGGGTGTAGAGCTCGCGGGCGTTCTCGATGGCCATGGCGGCATCGGCGGCGTGCACGCTGCCGACATGTTTGTGGTTAAGGCCGTGCTTGCTGCGCACGAACACTTCGTAGAGGGTCCAGACAGACATTTTCGATCTCCGCATCTATCGCCGCTCAGGCGGCGTTCTTGTTCTGTTGCTTGCGCGCATAGGCCACT > NC_002947/3716743‑3717040 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |