| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 3,781,365 | 0 | T | G | 20.6% | 295.5 / 28.8 | 175 | intergenic (+55/‑88) | PP_3338/PP_3339 | cytochrome bd‑type quinol oxidase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/87); new base G (32/8); total (80/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
TCGATCAGCATCTGGGAAGCCGCAGCGCCGCCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGCCTGC‑GACAAAAAGGCGCACCACGGAACTTGTACAGCCCGCAACGGATGCGGCTTAATGCGCGCCATATTCGCTCGGGTGACTCATGCTTTCACGTGCACGTGCACATCTTTGTCTGTTCGCCTGCCTCGCCGTGCTGTTCAA > NC_002947/3781218‑3781511 | tCGATCAGCATCTGGGAAGCCGCAGCGCCGCCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTgc > 2:5391071/1‑150 (MQ=255) gATCAGCATCTGGGAAGCCGCAGCGCCGCCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTATGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTgcgc < 1:1071842/150‑1 (MQ=255) aTCAGCATCTGGGAAGCCGCAGCGCCGCCCCAGAGCCAAGGCTTCATGCTGGTAGGCACACTGTTCATCCTGCCCAGTTCGCTTGGCTGATCCGACTGTTCATGATGGCCGCCGGCATGCGCAGCCATTGAGCCCTCGCCGTGGTGCGcc < 2:852687/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |