| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 3,849,920 | C→G | 6.5% | G236R (GGC→CGC) | PP_3394 ← | 3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑CoA lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 3,849,920 | 0 | C | G | 6.5% | 1090.2 / 47.5 | 325 | G236R (GGC→CGC) | PP_3394 | 3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑CoA lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (155/148); new base G (15/6); total (170/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
GGTAGCGCTTCGCTTAGTACCTGCCGGGTTTCGATTAGCGCAGGCAAGTCGATGCCGGTGTCGTAGCCCATGCTTTGCAGCATGAACACCAGGTCCTCGGTCACGGTATTACCAGACGCGCCAGGGGCGAACGGGCAGCCTCCCAGGCCCGCCAGGGAGGCATCCAGTTC‑CCCAATGCCCTGCTGCACCGCCACCAGGCTGTTGGCCAAGGCCAGGCCCCGGGTGTCATGGAAGTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCAATCTCCCGTACGGCCTGAAGCACCATTGCCACCTGGC > NC_002947/3849772‑3850069 | ggTAGCGCTTCGCTTAGTACCTGCCGGGTTTCGATTAGCGCAGGCAAGTCGATGCCGGTGTCGTAGCCCATGCTTTGCAGCATGAACACCAGGTCCTCGGTCACGGTATTACCAGACGCGCCAGGGGCGAACGGGCAGCCTCCCAGGccc < 1:6234368/150‑1 (MQ=255) tAGCGCTTCGCTTAGTACCTGCCGGGTTTCGATTAGCGCAGGCAAGTCGATGCCGGTGTCGTAGCCCATGCTTTGCAGCATGAACACCAGGTCCTCGGTCACGGTATTACCAGACGCGCCAGGGGCGAACGGGCAGCCTCCCAGGCCCGc > 1:1686204/1‑150 (MQ=255) cgcttcgcttAGTACCTGCCGGGTTTCGATTAGCGCAGGCAAGTCGATGCCGGTGTCGTAGCCCATGCTTTGCAGCATGAACACCAGGTCCTCGGTCACGGTATTACCAGACGCGCCAGGGGCGAACGGGCAGCCTCCCAGGCCCGCCAg < 2:6604970/150‑1 (MQ=255) 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ccAGACGCGCCAGGGGCGAACGGGCAGCCTCCCAGGCCCGCCAGGGAGGCATCCAGTTC‑CCCAATGCCCTGCTGCACCGCCACCAGGCTGTTGGCCAAGGCCAGGCCCCGGGTGTCATGGAAGTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCa < 2:497884/150‑1 (MQ=255) cgcgCCAGGGGCGAACGGGCAGCCTCCCAGGCCCGCCAGGGAGGCATCCAGTTC‑CCCAATGCCCTGCTGCACCGCCACCAGGCTGTTGGCCAAGGCCAGGCCCCGGGTGTCATGGAAGTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCAAtctc < 2:3909657/150‑1 (MQ=255) gcCAGGGGCGAACGGGCAGCCTCCCAGGCCCGCCAGGGAGGCATCCAGTTC‑CCCAATGCCCTGCTGCACCGCCACCAGGCTGTTGGCCAAGGCCAGGCCCCGGGTGTCATGGAAGTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCAATCTCCCg < 2:2507338/150‑1 (MQ=255) aGGGGCGAACGGGCAGCCTCCCAGGCCCGCCAGGGAGGCATCCAGTTC‑CCCAATGCCCTGCTGCACCGCCACCAGGCTGTTGGCCAAGGCCAGGCCCCGGGTGTCATGGAAGTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCAATCTCCCGTAc > 2:4038960/1‑150 (MQ=255) gCGAACGGGCAGCCTCCCAGGCCCGCCAGGGAGGCATCCAGTTC‑CCCTATGCCCTGCTGGTGCGCCACCAGGCTGTTGGGCAAGGCCAGGCCCCGGGTGTCATGGAATTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCTATCTCCCGTACGGcc < 2:5011310/150‑1 (MQ=255) gAACGGGCAGCCTCCCAGGCCCGCCAGGGAGGCATCCAGTTC‑CCCAATGCCCTGCTGCACCGCCACCAGGCTGTTGGCCAAGGCCAGGCCCCGGGTGTCATGGAAGTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCAATCTCCCGTACGGCCTg > 1:4559659/1‑150 (MQ=255) gAACGGGCAGCCTCCCAGGCCCGCCAGGGAGGCATCCAGTTC‑CCCAATGCCCTGCTGCACCGCCACCAGGCTGTTGGCCAAGGCCAGGCCCCGGGTGTCATGGAAGTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCAATCTCCCGTACGGCCTg > 1:1792310/1‑150 (MQ=255) aatgggCAGCCTCCCAGGCCCGCCAGGGAGGCATCCAGTTC‑CCCAATGCCCTGCTGCACCGCCACCAGGCTGTTGGCCAAGGCCAGGCCCCTGGTGTCATGGAAGTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCAATCTCCCGTACGGCCTGa < 1:5602752/147‑1 (MQ=255) aCGGGCAGCCTCCCAGGCCCGCCAGGGAGGCATCCAGTTC‑CCCAATGCCCTGCTGCACCGCCACCAGGCTGTTGGCCAAGGCCAGGCCCCGGGTGTCATGGAAGTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCAATCTCCCGTACGGCCTGaa < 1:1340992/150‑1 (MQ=255) aCGAGCAGCCTCCCAGGCCCGCCAGGGAGGCATCCAGTTC‑CCCAATGCCCTGCTGCACCGCCACCAGGCTGTTGGCCAAGGCCAGGCCCCGGGTGTCATGGAAGTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCAATCTCCCGTACGGCCTGaa < 1:4206963/150‑1 (MQ=255) atgCCTCCCTGGCGGGCCTGGGAGGCTGCCCGTTCGCCCAATGCCCTGCTGCACCGCCACCAGGCTGTTGGCCAAGGCCAGGCCCCGGGTGTCATGGAAGTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCAATCTCCCGTACGGCCTGAAGCAc > 2:109973/3‑150 (MQ=38) cTCCCTGGCGGGCCTGGGAGGCATCCAGTTC‑CCCAATGCCCTGCTGCACCGCCACCAGGCTGTTGGCCAAGGCCAGGCCCCGGGTGTCATGGAAGTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCAATCTCCCGTACGGCCTGAAGCACCATTg > 1:2722469/1‑150 (MQ=255) cTCCCTGGCGGGCCTGGGAGGCATCCAGTTC‑CCCAATGCCCTGCTGCACCGCCACCAGGCTGTTGGCCAAGGCCAGGCCCCGGGTGTCATGGAAGTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCAATCTCCCGTACGGCCTGAAGCACCATTg > 1:1057933/1‑150 (MQ=255) cTCCCTGGCGGGCCTGGGAGGCATCCAGTTC‑CCCAAAGCCCTGCTGCACCGCCACCAGGCTGTTGGCCAAGGCCAGGCCCCGGGTGTCATGGAAGTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCAATCTCCCGTACGGCCTGAAGCACCATTg > 2:3542997/1‑150 (MQ=255) tCCCTGGCGGGCCTGGGAGGCATCCAGTTC‑CCCAATGCCCTGCTGCACCGCCACCAGGCTGTTGGCCAAGGCCAGGCCCCGGGTGTCATGGAAGTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCAATCTCCCGTACGGCCTGAAGCACCATTGc > 2:5927601/1‑150 (MQ=255) tCCCTGGCGGGCCTGGGAGGCATCCAGTTC‑CCCAATGCCCTGCTGCACCGCCACCAGGCTGTTGGCCAAGGCCAGGCCCCGGGTGTCATGGAAGTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCAATCTCCCGTACGGCCTGAAGCACCATTGc > 2:5217964/1‑150 (MQ=255) tCCCAGGCCCGCCAGGGAGGCATCCAGTTC‑CCCAATGCCCCGCTGCACCGCCACCAGGCTGTTGGCCAAGGCCAGGCCCCGGGTGTCATGGAAGTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCAATCTCCCGTACGGCCTGAAGCACCATTGc > 1:3742956/1‑150 (MQ=255) | GGTAGCGCTTCGCTTAGTACCTGCCGGGTTTCGATTAGCGCAGGCAAGTCGATGCCGGTGTCGTAGCCCATGCTTTGCAGCATGAACACCAGGTCCTCGGTCACGGTATTACCAGACGCGCCAGGGGCGAACGGGCAGCCTCCCAGGCCCGCCAGGGAGGCATCCAGTTC‑CCCAATGCCCTGCTGCACCGCCACCAGGCTGTTGGCCAAGGCCAGGCCCCGGGTGTCATGGAAGTGCGCGGCCTTGAGACGGTCGCCTGCAATCTCCCGTACGGCCTGAAGCACCATTGCCACCTGGC > NC_002947/3849772‑3850069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |