| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,919,426 | G→C | 5.3% | R118R (CGC→CGG) | PP_3454 ← | transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,919,426 | 0 | G | C | 5.3% | 946.8 / 28.9 | 278 | R118R (CGC→CGG) | PP_3454 | transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (132/131); new base C (9/6); total (141/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
CGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCTGCGACTCCT > NC_002947/3919277‑3919574 | gcgcCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTgcggc < 1:3683696/150‑1 (MQ=255) gcgcCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTgcggc > 2:3009685/1‑150 (MQ=255) gcCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGgcgc > 2:2594991/1‑150 (MQ=255) cAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCgcag > 1:3562674/1‑150 (MQ=255) caccaGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGt > 2:1545673/1‑150 (MQ=255) caccaGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGt < 2:6447596/150‑1 (MQ=255) caccaGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGt < 2:5408074/150‑1 (MQ=255) cccaGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACGCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGCTACGCAGGCCACCCCTCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTg < 2:4970196/149‑1 (MQ=255) cagcagGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTgcg > 1:4951829/1‑150 (MQ=255) cagcagGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTgcg < 2:4851162/150‑1 (MQ=255) agcagGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGCCGCAGCAgtgtcaac < 1:4769245/150‑5 (MQ=255) gcagGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCa > 1:4457690/1‑150 (MQ=255) gTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCg > 2:3704080/1‑150 (MQ=255) gTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATAAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCg > 1:2923333/1‑150 (MQ=255) ttGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCgg > 1:3116837/1‑150 (MQ=255) tACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGcc > 1:4406252/1‑150 (MQ=255) tCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCcagc > 2:2474697/1‑150 (MQ=255) tCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGACCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCcagc > 2:6161798/1‑150 (MQ=255) 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cACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTcaca < 1:6299020/150‑1 (MQ=255) aCCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAg > 2:1038692/1‑150 (MQ=255) ctcctcGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAggg < 2:6546870/150‑1 (MQ=255) tcGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTg < 2:5676562/150‑1 (MQ=255) tcGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTg > 2:679820/1‑150 (MQ=255) 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ggTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGc < 1:505669/150‑1 (MQ=255) tCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCt > 1:4047025/1‑150 (MQ=255) cGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTa < 2:2167268/150‑1 (MQ=255) cGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCAcc < 1:4562619/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTgg > 2:6340893/1‑97 (MQ=255) gCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCt > 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accaATCAGGATGTTGTCGTTGTACAGGAGCGTTTAGTTGACACTGCTGCGGAGCAGCAGCGTGCGGACGCGGGCCAGGAGGACGCGTGGCTCACAGGGTTTTGTGACGTAGTGGTCGGTCACGATTTCCTTTCCTAGCTCCTTGTGATg < 2:5828235/150‑1 (MQ=255) accaATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGGTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTCGCACCTGGTCATg > 2:3613740/1‑150 (MQ=255) ccaATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTa < 1:53618/110‑1 (MQ=255) caATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGc > 2:3850112/1‑150 (MQ=255) aaTCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCt > 2:4447638/1‑150 (MQ=255) aaTCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCt > 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cattGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCa < 1:1475842/148‑1 (MQ=255) cGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCa < 2:3002170/150‑1 (MQ=255) gTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAg > 1:6203441/1‑150 (MQ=255) gTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAg > 1:8039/1‑150 (MQ=255) ttGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAgg < 2:1726768/61‑1 (MQ=255) ttGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAgg > 1:1726768/1‑61 (MQ=255) ttGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAgg < 1:3781855/150‑1 (MQ=255) ttGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAgg > 1:1347236/1‑150 (MQ=255) gACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGt > 1:3415820/1‑150 (MQ=255) gACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGt > 2:5341866/1‑150 (MQ=255) acTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCTg < 2:5304801/150‑1 (MQ=255) ctgctgCGGCGCAGCAGCGTTCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCTGc < 1:6003665/150‑1 (MQ=255) tgctgcGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCTGCg > 1:1109098/1‑150 (MQ=255) gctgcGCCGCAGCAGTGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCTGCGa > 2:3264796/1‑150 (MQ=255) tgcGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCCTGAGGATTGGCAGGGTCTGCGACt > 2:1471248/1‑150 (MQ=255) tgcGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCTGCGACt > 2:1837092/1‑150 (MQ=255) tgcGCCGCAGCAGTGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCTGCGACt > 2:1697766/1‑150 (MQ=255) gcggcgCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCTGCGACTc < 1:5963667/150‑1 (MQ=255) cggcgCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCa > 2:4288494/1‑82 (MQ=255) ggcgCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCTGCGACTCCt < 1:304831/150‑1 (MQ=255) | CGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCTGCGACTCCT > NC_002947/3919277‑3919574 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |