Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 341,304 | C→G | 5.3% | intergenic (‑195/‑183) | PP_5438 ← / → gabP‑I | hypothetical protein/gamma‑aminobutyrate permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 341,304 | 0 | C | G | 5.3% | 885.6 / 28.6 | 266 | intergenic (‑195/‑183) | PP_5438/gabP‑I | hypothetical protein/gamma‑aminobutyrate permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (143/109); new base G (5/9); total (148/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.79e-01 |
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
ACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTACCCGCAGT > NC_002947/341155‑341453 | aCGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGc > 2:3104635/1‑150 (MQ=255) aCGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTAACGAGGAGAAGGTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGc > 2:6567503/1‑150 (MQ=255) gAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCaa < 1:5333330/150‑1 (MQ=255) aTGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATg > 1:4595995/1‑150 (MQ=255) aTGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATg < 1:6434859/150‑1 (MQ=255) tGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATgg > 2:2297884/1‑150 (MQ=255) gCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCATTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGc < 1:489333/150‑1 (MQ=255) tGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGaa > 1:3343439/1‑150 (MQ=255) tGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGCCATTGCATGACCGaa < 2:1690280/150‑1 (MQ=255) tGTAGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGaa < 1:3789747/150‑1 (MQ=255) gATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTGACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGCCATTGCATGACCGAAAgga < 2:6758953/150‑3 (MQ=255) tatCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCt > 2:6491228/1‑150 (MQ=255) tatCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCt > 2:4161948/1‑150 (MQ=255) atCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTc < 1:5600730/150‑1 (MQ=255) tCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTcc > 2:5568301/1‑150 (MQ=255) tCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTcc > 1:6261606/1‑150 (MQ=255) acaAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAg > 1:4414000/1‑150 (MQ=255) caAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAgg > 2:6518603/1‑150 (MQ=255) 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aTGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTaaaa < 2:4929452/150‑1 (MQ=255) tGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGTTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAg < 2:5486396/150‑1 (MQ=255) aCTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAg > 1:3889434/1‑150 (MQ=255) tttttGGCATCGCAGTGGTACACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGaa > 2:1184/1‑150 (MQ=255) ttttGGCTTTGCAGTGGTGCACAGGTTTTACCGTGTAGCACGTTTGGTGCATTTTTAAGTGTTTATTTCAGTAATCCGGTGATTTGTGGTCCTTTGGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAAt < 1:1452897/150‑1 (MQ=255) 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ttGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTg < 2:2921571/150‑1 (MQ=255) gAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGgc < 2:1574277/150‑1 (MQ=255) tCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGgcgcgc > 1:4961342/1‑150 (MQ=255) tCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGgcgcgc > 1:4779931/1‑150 (MQ=255) tttCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGctct < 1:5785888/150‑1 (MQ=255) tttCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGctct < 1:2554994/150‑1 (MQ=255) tttCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGctct < 1:2848203/150‑1 (MQ=255) ggTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTAc < 2:3983484/150‑1 (MQ=255) cATGCAATGGCCTAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTTAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTACCCg < 1:6563411/150‑1 (MQ=255) gCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCCTTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTACCCGCAg > 2:4633671/1‑150 (MQ=255) cAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTACCCGCAGt > 2:1548547/1‑150 (MQ=255) | ACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTACCCGCAGT > NC_002947/341155‑341453 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |