| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 341,309 | G→A | 5.2% | intergenic (‑200/‑178) | PP_5438 ← / → gabP‑I | hypothetical protein/gamma‑aminobutyrate permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 341,309 | 0 | G | A | 5.2% | 867.5 / 21.9 | 270 | intergenic (‑200/‑178) | PP_5438/gabP‑I | hypothetical protein/gamma‑aminobutyrate permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (148/108); new base A (5/9); total (153/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
TGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTACCCGCAGTCG > NC_002947/341160‑341455 | tGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATgg > 2:2297884/1‑150 (MQ=255) gCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCATTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGc < 1:489333/150‑1 (MQ=255) gCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGc < 1:6675186/150‑1 (MQ=255) tGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGaa > 1:3343439/1‑150 (MQ=255) tGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGCCATTGCATGACCGaa < 2:1690280/150‑1 (MQ=255) gTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGaaa < 2:1056431/150‑1 (MQ=255) gTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGaaa < 2:1549909/150‑1 (MQ=255) gTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGCCATTGCATGACCGaaa < 1:4204767/150‑1 (MQ=255) ttGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAg < 2:1236776/150‑1 (MQ=255) gATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTGACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGCCATTGCATGACCGAAAgga < 2:6758953/150‑3 (MQ=255) atatCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGCCATTGCATGACCGAAAggac < 2:6436910/150‑4 (MQ=255) tCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTcc > 1:626359/1‑150 (MQ=255) tCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTcc > 2:5568301/1‑150 (MQ=255) acaAGGTAGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGACATCCAg > 2:6563411/1‑150 (MQ=255) caAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAgg > 2:3911712/1‑150 (MQ=255) aaGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGc > 2:4692390/1‑150 (MQ=255) aaGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGc > 1:1988178/1‑150 (MQ=255) ttGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCa > 1:5786759/1‑150 (MQ=255) 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ccATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTaa > 2:5109318/1‑150 (MQ=255) aTGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTaaaa < 1:5700299/150‑1 (MQ=255) aTGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTaaaa < 2:5470101/150‑1 (MQ=255) ggTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGc < 1:505633/150‑1 (MQ=255) ttGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCt < 2:4273306/150‑1 (MQ=255) tGCACTTTTTGGCTTTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTg < 1:5923698/150‑1 (MQ=255) aCTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTGGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTACAAGGCCTGCAg > 2:4622164/1‑150 (MQ=255) ttttGGCTTTGCAGTGGTGCACAGGTTTTACCGTGTAGCACGTTTGGTGCATTTTTAAGTGTTTATTTCAGTAATCCGGTGATTTGTGGTCCTTTGGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAAt < 1:1452897/150‑1 (MQ=255) tttGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAAtt > 1:4782290/1‑150 (MQ=255) tttGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAAtt > 1:3526944/1‑150 (MQ=255) 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tttCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGctct < 1:2554994/150‑1 (MQ=255) tttCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGctct < 1:2848203/150‑1 (MQ=255) tttCGGCCATTGCATGACCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGctct > 1:6043075/1‑150 (MQ=255) tttCGGCCATTGCATGACCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCATAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGctct > 2:6288155/1‑150 (MQ=255) ggTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTAc < 2:3983484/150‑1 (MQ=255) ggTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTAc < 2:3241462/150‑1 (MQ=255) aTGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTACCCGc > 1:6859558/1‑150 (MQ=255) gCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTACCCGCAg > 1:4369739/1‑150 (MQ=255) aaTGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTACCCGCAGTc < 1:4761356/150‑1 (MQ=255) aTGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTACCCGCAGTCg > 2:3608856/1‑150 (MQ=255) aTGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTACCCGCAGTCg > 1:374609/1‑150 (MQ=255) | TGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTACCCGCAGTCG > NC_002947/341160‑341455 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |