Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,155,527 | T→G | 5.2% | V46G (GTC→GGC) | PP_3655 → | cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,155,527 | 0 | T | G | 5.2% | 904.5 / 25.2 | 262 | V46G (GTC→GGC) | PP_3655 | cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (120/128); new base G (7/7); total (127/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
CTTGGAGTCAGTCATGACCAGTGCAGCCAATTCGGCACCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTCCGCAGATGATCCAGAGCC > NC_002947/4155378‑4155676 | ggAGTCAGTCATGACCAGTGCAGCCAATTCGGCACCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCAc > 1:4889326/1‑150 (MQ=255) agtcagtcATGACCAGTGCAGCCAATTCGGCACCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCg < 2:4984469/150‑1 (MQ=255) tcagtcaTGACCAGTGCAGCCAATTCGGCACCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGgc < 2:2876190/150‑1 (MQ=255) 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gcggcAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCaaa > 1:75489/1‑150 (MQ=255) cAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATggg < 1:4155913/150‑1 (MQ=255) cAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATggg < 1:6041378/150‑1 (MQ=255) acccagcgcgCCGGTGACGATGGGCAACGGCGCGATGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATggg > 2:2327906/7‑150 (MQ=38) cATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCAt > 2:4959009/1‑150 (MQ=255) aTCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCAtt > 2:2442342/1‑150 (MQ=255) tCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATcc < 2:2387732/81‑1 (MQ=255) gcgcCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGccc > 2:538988/1‑115 (MQ=255) gcgcCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTCCg > 2:1090139/1‑150 (MQ=255) gcCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTCCGCa > 1:634436/1‑150 (MQ=255) gcCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTCCGCa < 2:4145747/150‑1 (MQ=255) 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tCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTCCGCAGATGATCCaga > 1:6852117/1‑150 (MQ=255) | CTTGGAGTCAGTCATGACCAGTGCAGCCAATTCGGCACCCCTGATAGAAAAACACACGATCGGCTACGTGCCCCCGCAAGACCGCCATGGAAAGGTAAGGGATCTGTTCACACTCTGGTTCGGCGGCAACATCGCGCCGTTGCCCATCGTCACCGGCGCGCTGGGTGTGCAGCTGTTCCACCTGAACCTGGTATGGGGCATCGTCGCCATCCTTGTCGGCCACCTGGTCGGCGGGGTGCTGATGGCCCTGCACTCGGCCCAGGGCCCGCAAATGGGCATTCCGCAGATGATCCAGAGCC > NC_002947/4155378‑4155676 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |