| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,249,970 | G→T | 5.5% | A15D (GCT→GAT) | aruH ← | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,249,970 | 0 | G | T | 5.5% | 1212.9 / 38.2 | 357 | A15D (GCT→GAT) | aruH | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (181/156); new base T (14/6); total (195/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 362 total aligned reads displayed.
AATGGGTATGGCCAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATC > NC_002947/4249821‑4250119 | aaTGGGTATGGCCAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAg > 2:4611225/1‑150 (MQ=255) aTGGGTATGGCCAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAgc > 1:6647655/1‑150 (MQ=255) tGGGTATGGCCAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAgcg > 2:1089562/1‑150 (MQ=255) gTATGGCCAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCg > 1:5428609/1‑150 (MQ=255) tATGGCCAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGt > 2:6555117/1‑150 (MQ=255) tGGCCAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTCGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCg > 2:6403989/1‑150 (MQ=255) gCCAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGcc > 1:6716396/1‑150 (MQ=255) cAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCgg > 2:298572/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |