| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,278,224 | A→T | 5.3% | Y216N (TAC→AAC) | glcC ← | transcriptional regulator GlcC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 4,278,224 | 0 | A | T | 5.3% | 1166.0 / 34.2 | 342 | Y216N (TAC→AAC) | glcC | transcriptional regulator GlcC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (169/155); new base T (11/7); total (180/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
GCTTCACCCCCAGCCATCCATACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGCCTCACTGATG > NC_002947/4278075‑4278372 | cTTCACCCCCAGCCATCCATACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTAc < 2:1250550/150‑1 (MQ=255) aCCCCCAGCCATCCATACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAAcc < 2:1106848/150‑1 (MQ=255) ccccAGCCATCCATACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACcgc > 2:6075459/1‑150 (MQ=255) cccAGCCATCCATACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACcgcg > 2:1002782/1‑150 (MQ=255) ccAGCCATCCATACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCgcgc > 1:3884714/1‑150 (MQ=255) cAGCCCTCCATACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTTGTACCGCGCa < 2:396414/150‑1 (MQ=255) gCCATCCATACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTTGTACCGCGCagt < 2:1734840/150‑3 (MQ=255) tccatACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCAtgctgc > 2:2433508/1‑150 (MQ=255) 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aTGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATc > 2:3169088/1‑150 (MQ=255) ggTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTg < 1:6078112/150‑1 (MQ=255) gTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTgg < 1:2165463/150‑1 (MQ=255) cGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCACTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCg < 2:2726398/150‑1 (MQ=255) ccTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGttt > 1:6612243/1‑150 (MQ=255) 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tCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGc > 1:2002587/1‑150 (MQ=255) aTGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCa < 1:3914283/133‑1 (MQ=255) aTGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGAc > 1:4218444/1‑150 (MQ=255) aTGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGAc > 1:1528707/1‑150 (MQ=255) aTGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGAc > 1:6600662/1‑150 (MQ=255) gACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGc < 2:42660/150‑1 (MQ=255) gACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGc < 2:4100016/150‑1 (MQ=255) gACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGc < 2:6516350/150‑1 (MQ=255) gACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGc < 2:788048/150‑1 (MQ=255) catGCGCGGTTGTACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGcc > 1:1329130/3‑150 (MQ=255) atGCGCGGTTGTACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGCCt > 2:818207/2‑150 (MQ=255) atGCGCGGTTGTACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGCCt > 2:4052503/2‑150 (MQ=255) atGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGCCt > 1:5469541/2‑150 (MQ=255) tGCGCGGTTGTACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGCCTc > 2:211086/1‑150 (MQ=255) tGCGCGGTTGTACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGCCTc > 2:45547/1‑150 (MQ=255) tGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCATGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGCCTc > 1:6322608/1‑150 (MQ=255) cgcgGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGCCTCAc < 2:2323901/150‑1 (MQ=255) gcgGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGCCTCACt < 2:6332240/150‑1 (MQ=255) gcgGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGCCTCACt > 1:4668818/1‑150 (MQ=255) gcgGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGCCTCACt > 1:3617219/1‑150 (MQ=255) ggTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGCCTCACTGa > 1:2934311/1‑150 (MQ=255) | GCTTCACCCCCAGCCATCCATACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGCCTCACTGATG > NC_002947/4278075‑4278372 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |