| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,279,406 | G→T | 5.3% | V124L (GTG→TTG) | glcD → | glycolate oxidase FAD‑linked subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,279,406 | 0 | G | T | 5.3% | 1217.2 / 35.0 | 358 | V124L (GTG→TTG) | glcD | glycolate oxidase FAD‑linked subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (167/171); new base T (10/10); total (177/181) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 368 total aligned reads displayed.
TTTGCCACCAGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑ACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGC > NC_002947/4279257‑4279555 | tttGCCACCAGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCcgcg > 2:1497013/1‑150 (MQ=255)tttGCCACCAGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCcgcg > 1:1539835/1‑150 (MQ=255) ttGCCACCAGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCCAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGt < 2:648200/150‑1 (MQ=255) ttGCCACCAGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGt > 1:5080802/1‑150 (MQ=255) ttGCCACCAGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGt < 2:4168701/150‑1 (MQ=255) ttGCCACCAGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGt < 2:4344546/150‑1 (MQ=255) ttGCCACCAGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGt < 2:5687438/150‑1 (MQ=255) ttGCCACCAGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGt < 2:5770371/150‑1 (MQ=255) tGCCACCAGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTg < 1:4925127/150‑1 (MQ=255) ccaccaGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCa > 1:3449237/1‑150 (MQ=255) caccaGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCaa > 1:4697380/1‑150 (MQ=255) caccaGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCaa > 1:4208609/1‑150 (MQ=255) accaGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAAc > 1:2254071/1‑150 (MQ=255) accaGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAAc > 1:1258168/1‑150 (MQ=255) ccaGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAAcc > 1:2140409/1‑150 (MQ=255) aGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCgg < 2:4283872/150‑1 (MQ=255) gcgcGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCggg > 2:5277312/1‑150 (MQ=255) gcgTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑aa < 2:5604013/150‑2 (MQ=255) gcgTACCGGTGGGTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCG‑TACGCCCGGTTGCACGCGGGCGT‑aac < 1:5430279/150‑3 (MQ=255) cgTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑ACg < 1:2367427/150‑1 (MQ=255) gTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑ACGc < 2:4802322/150‑1 (MQ=255) aCCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCG‑TACGCCCGGTTACACGCGGGCGT‑aacgccc < 1:4998965/150‑7 (MQ=255) ccGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑ACGCacc > 1:6106691/1‑148 (MQ=255) ccGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑ACGCAAc > 1:3112302/1‑150 (MQ=255) cGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑ACGCAAcc > 1:1184099/1‑150 (MQ=255) gtggtTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑ACGCAACCTg > 1:5253037/1‑150 (MQ=255) tggtTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑ACGCAACCTgg < 2:4642195/150‑1 (MQ=255) ggtTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑ACGCAACCTGGc < 2:890417/150‑1 (MQ=255) ttGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑ACGCAACCTGGCCa > 1:2643760/1‑150 (MQ=255) tGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑ACGCAACCTGGCCAt < 1:6332148/150‑1 (MQ=255) cgcgTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑ACGCAACCTGGCCAtct > 1:3962494/1‑150 (MQ=255) gcgTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGt > 2:6625095/1‑132 (MQ=255) gcgTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGt < 1:6625095/132‑1 (MQ=255) cgTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑ACGCAACCTGGCCATCTcc < 2:3548155/150‑1 (MQ=255) gTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑ACGCAACCTGGCCATCTccc > 2:2176306/1‑150 (MQ=255) gTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑ACGCAACCTGGCCATCTccc < 2:3121170/150‑1 (MQ=255) ggCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑ACGCAACCTGGCCATCTCCCAg > 2:3693842/1‑150 (MQ=255) cGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑ACGCAACCTGGCCATCTCCCAGgccgc < 1:5884226/150‑1 (MQ=255) 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TTTGCCACCAGCGCGGCGTACCGGTGGTTGCGCGTGGCGCCGGTACCGGCCTGTCTGGTGGTGCCCTGCCGCTGGCCAAGGGCATCCTGCTGGTGATGGCGCGCTTCAACCGTATCCTCGAGGTCAACCCGCAGGGGCGTTACGCCCGCGTGCAACCGGGCGT‑ACGCAACCTGGCCATCTCCCAGGCCGCCGCACCCCATGGTATGTACTACGCACCCGACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGC > NC_002947/4279257‑4279555 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |