| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,298,214 | T→C | 6.6% | intergenic (+37/+33) | PP_3762 → / ← PP_3763 | two‑component system response regulator/precorrin‑6A synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,298,214 | 0 | T | C | 6.6% | 814.3 / 29.0 | 258 | intergenic (+37/+33) | PP_3762/PP_3763 | two‑component system response regulator/precorrin‑6A synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (118/123); new base C (6/11); total (124/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
CCAGCGGCTACGCCGACAGTTTCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCAACGGCCCGGCAATCAGCA > NC_002947/4298065‑4298362 | aGCGGCTACGCCGACAGTTTCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGc > 1:6604308/1‑150 (MQ=255) tACGCCGACAGTTTCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCACGCCcgcgc < 2:5042722/150‑2 (MQ=255) tACGCCGACAGTTTCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCACGCCcgcgc < 2:457647/150‑2 (MQ=255) 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tGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGcc > 1:6394599/1‑150 (MQ=255) gTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCt < 2:3617933/150‑1 (MQ=255) gTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCt < 1:3056897/150‑1 (MQ=255) ttCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGc < 2:4150039/150‑1 (MQ=255) gCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCAAc < 2:6798466/150‑1 (MQ=255) tCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCAACgg > 2:6495054/1‑150 (MQ=255) tCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCAACgg > 1:1000450/1‑150 (MQ=255) cctcttcgcgGGCACGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCAACGGc > 2:2234509/7‑150 (MQ=255) cGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCAACGGc < 1:2090455/150‑1 (MQ=255) tcttcgcgGGCACGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCACCGGccc > 2:2658546/5‑150 (MQ=255) tAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCAACGGccc < 1:284079/150‑1 (MQ=255) aGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCAACGGCCCg < 2:5974590/150‑1 (MQ=255) aGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCAACGGCCCg < 1:4744427/150‑1 (MQ=255) aGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCAACGGCCCg < 2:3925174/150‑1 (MQ=255) ttcgcgGGCACGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCAACGGCCCgg > 2:5344030/3‑150 (MQ=255) ttcgcgGGCACGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCAACGGCCCgg > 1:1688463/3‑150 (MQ=255) gcgcGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTAGCTGCGCCTTCACCGCCTGCAACGGCCCGGc > 2:4078842/1‑150 (MQ=255) ggCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCAACGGCCCGGCAATCa < 2:5666821/150‑1 (MQ=255) gCGTGCCCGCGCAGAGGCCGACACCGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGCTCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCAACGGCCCGGCAATCAg < 2:2323069/150‑1 (MQ=255) gCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCAACGGCCCGGCAATCAg > 1:179999/1‑150 (MQ=255) cGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCAACGGCCCGGCAATCAGc < 2:3552272/150‑1 (MQ=255) | CCAGCGGCTACGCCGACAGTTTCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCAACGGCCCGGCAATCAGCA > NC_002947/4298065‑4298362 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |