Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,451,484 | G→C | 5.3% | Y358* (TAC→TAG) | nicC ← | 6‑hydroxynicotinate 3‑monooxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,451,484 | 0 | G | C | 5.3% | 969.3 / 29.1 | 284 | Y358* (TAC→TAG) | nicC | 6‑hydroxynicotinate 3‑monooxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (130/139); new base C (6/9); total (136/148) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
GCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCCGCGTCCTCGATGGCCA > NC_002947/4451335‑4451632 | cccTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGt > 1:6549410/1‑150 (MQ=255) ccTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTa < 2:4724153/150‑1 (MQ=255) ccTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTa > 1:3232144/1‑150 (MQ=255) ttGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTaga < 1:1412435/150‑1 (MQ=255) ttGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTaga < 1:2771728/150‑1 (MQ=255) cgccATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCa > 2:6346261/1‑150 (MQ=255) gccATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAg < 2:405092/150‑1 (MQ=255) gccATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAg < 1:2434811/150‑1 (MQ=255) ccATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTCTACAGCCAgg < 2:2470483/150‑1 (MQ=255) cATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGgt < 1:3400207/150‑1 (MQ=255) cATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTCTACAGCCAgga < 1:5825351/150‑2 (MQ=255) aTAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTCTACAGCCAggaa < 1:4874590/150‑3 (MQ=255) aTAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTCTACAGCCAggaa < 1:973003/150‑3 (MQ=255) gcgcAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTg < 1:5426892/150‑1 (MQ=255) gcAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGc > 2:5127698/1‑150 (MQ=255) gcAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGc > 2:1518640/1‑150 (MQ=255) gcAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGc < 1:1668308/150‑1 (MQ=255) gTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTg < 2:2389885/150‑1 (MQ=255) gTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTg < 2:6459212/150‑1 (MQ=255) tGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATa < 2:1695665/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATAc > 1:1626437/1‑150 (MQ=255) gCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATAc > 1:6820285/1‑150 (MQ=255) gCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATAc > 1:6276846/1‑150 (MQ=255) ggCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGa < 1:5081782/150‑1 (MQ=255) ggATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTg < 2:4602258/150‑1 (MQ=255) cATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTg > 1:377660/1‑150 (MQ=255) tGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGa < 1:3210236/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGAt < 2:6667618/150‑1 (MQ=255) cgcTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGc < 2:1415933/150‑1 (MQ=255) cgcTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGc < 1:4254543/150‑1 (MQ=255) gcTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGcc < 2:2847114/150‑1 (MQ=255) gcTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGcc > 2:930642/1‑150 (MQ=255) tGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCg < 2:4458455/150‑1 (MQ=255) aCGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGct > 1:5299186/1‑150 (MQ=255) gTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGctct > 2:5995083/1‑150 (MQ=255) accaccAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTg > 1:3007647/1‑150 (MQ=255) caccaGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCg > 2:3075311/1‑150 (MQ=255) caccaGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCg > 2:1314812/1‑150 (MQ=255) caGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGtt < 1:4718137/150‑1 (MQ=255) caGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGtt < 2:5553514/150‑1 (MQ=255) aGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTg < 1:6218436/150‑1 (MQ=255) gCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTgg < 1:124457/150‑1 (MQ=255) gCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTgg < 2:4314570/150‑1 (MQ=255) 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gaAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCa > 1:4351299/1‑150 (MQ=255) aaGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCAt < 2:3582742/150‑1 (MQ=255) ggggCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATAc < 1:5666065/147‑1 (MQ=255) gCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAAc < 1:4792712/150‑1 (MQ=255) tCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAAcgc > 1:1300591/1‑150 (MQ=255) tCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAAcgc > 1:6066375/1‑150 (MQ=255) aTGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGa > 2:376023/1‑150 (MQ=255) aTGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGa < 1:3577218/150‑1 (MQ=255) tGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGaa > 1:6865993/1‑150 (MQ=255) tGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGaa > 1:4487507/1‑150 (MQ=255) gccTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGcc > 2:6829407/1‑150 (MQ=255) ccTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCAt > 2:4669163/1‑135 (MQ=255) ccTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCAt < 1:4669163/135‑1 (MQ=255) ccGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCgg > 2:3024934/1‑150 (MQ=255) ccGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCgg > 2:6575454/1‑150 (MQ=255) 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GCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCCGCGTCCTCGATGGCCA > NC_002947/4451335‑4451632 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |