Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,680,330 | T→G | 6.3% | intergenic (+34/+70) | PP_4137 → / ← chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,680,330 | 0 | T | G | 6.3% | 606.3 / 22.3 | 196 | intergenic (+34/+70) | PP_4137/chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/131); new base G (8/5); total (60/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 |
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
GCGCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGA > NC_002947/4680182‑4680479 | gcgcTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGTCA‑tt < 1:3009359/150‑1 (MQ=255) tATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCCCGAATGCGTCA‑ATGAAt > 2:3242923/1‑150 (MQ=255) cAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTTCCCCCGAATGCGGGA‑GTGGATTTGc > 1:2737080/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |