| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,680,331 | T→C | 5.6% | intergenic (+35/+69) | PP_4137 → / ← chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,680,331 | 0 | T | C | 5.6% | 612.8 / 16.1 | 196 | intergenic (+35/+69) | PP_4137/chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/129); new base C (6/5); total (60/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.79e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
GCGCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGT‑TT‑ACCCGCGAATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGAG > NC_002947/4680182‑4680480 | gcgcTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGT‑TT‑ACCCGCGAATGCGTCA‑tt < 1:3009359/150‑1 (MQ=255) cgcTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGT‑TT‑ACCCGCGAATGCGTCA‑TTg < 2:194580/150‑1 (MQ=255) aTGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGT‑TT‑ACCCGCGAATGCGTCA‑TTGAAtt < 2:4470984/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |