Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,680,332 | G→T | 9.1% | intergenic (+36/+68) | PP_4137 → / ← chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,680,332 | 0 | G | T | 9.1% | 484.1 / 2.6 | 202 | intergenic (+36/+68) | PP_4137/chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/112); new base T (5/21); total (64/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
CGCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGT‑TT‑ACCCGCGAATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGAG > NC_002947/4680183‑4680480 | cgcTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGT‑TT‑ACCCGCGAATGCGTCA‑TTg < 2:194580/150‑1 (MQ=255) cTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGT‑TT‑ACCCGCGAATGCGTCA‑TTGaa < 1:3701409/150‑1 (MQ=255) cAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGT‑TT‑TCCCCCGAATGCGGGA‑GTGGATTTGc > 1:2737080/1‑150 (MQ=255) 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tGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGAg > 1:5333585/1‑150 (MQ=255) | CGCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGT‑TT‑ACCCGCGAATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGAG > NC_002947/4680183‑4680480 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |