| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,680,337 | T→C | 5.6% | intergenic (+41/+63) | PP_4137 → / ← chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,680,337 | 0 | T | C | 5.6% | 602.6 / 16.2 | 199 | intergenic (+41/+63) | PP_4137/chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (57/127); new base C (6/5); total (63/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
TGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGT‑TT‑ACCCGCGAATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGAGCTTGC > NC_002947/4680188‑4680485 | tGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGT‑TT‑ACCCGCGAATGCGTCA‑TTGAAttt < 2:5101607/150‑1 (MQ=255) aGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGT‑TT‑ACCCGCGAATGCGTCA‑TTGAATTTGcc < 1:3224101/150‑1 (MQ=255) gACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGT‑TT‑ACCCGCGAATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGAc < 2:4779229/150‑1 (MQ=255) 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ttGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCGCCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGAGCTTGc > 2:6165095/1‑150 (MQ=255) | TGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGT‑TT‑ACCCGCGAATGCGTCA‑TTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGAGCTTGC > NC_002947/4680188‑4680485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |