| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 403,280 | G→T | 6.2% | intergenic (‑80/+89) | msrA ← / ← PP_0337 | peptide methionine sulfoxide reductase MsrA/sensory box protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 403,280 | 0 | G | T | 6.2% | 773.6 / 23.5 | 246 | intergenic (‑80/+89) | msrA/PP_0337 | peptide methionine sulfoxide reductase MsrA/sensory box protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (91/129); new base T (12/3); total (103/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.49e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
GGCCAGGCAGGGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGTTCGCGCCCGGGAATC > NC_002947/403131‑403429 | ccAGGCAGGGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGtt > 1:559887/1‑150 (MQ=255) caggcaggGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACTTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCGGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGttt < 2:3972350/150‑1 (MQ=255) caggcaggGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGttt < 1:5929063/150‑1 (MQ=255) 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cCCCACCGGTACAGCACCGGTTTCAACGGTTGTGGTGTTCGTGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGc > 1:6384829‑M1/2‑150 (MQ=255) TCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGCAAGGGCCCGAATGGCTTCTAGAGTGCCCGAGGGTTACGCCGCTGTCAGGCCCCCGGGCCACGCGGCTAGCGCTGCAGCCGCTCGGc < 2:4736984‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCa < 1:5727626‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCa < 2:724109‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGGTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCa > 2:957917‑M1/1‑150 (MQ=255) CACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAg < 2:840664‑M1/150‑1 (MQ=255) ACAGGAACAGCACAGCTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGt < 1:1358731‑M1/150‑1 (MQ=255) cGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTCGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGTTc > 2:2085577‑M1/2‑150 (MQ=255) gTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGTTcgc < 1:4993176/150‑1 (MQ=255) aGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGTTCGCGccc > 2:3243910/1‑150 (MQ=255) cacaGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGTTCGCGCCCgg > 1:583173/1‑150 (MQ=255) ggTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGTTCGCGCCCGGGAAt > 2:887062/1‑150 (MQ=255) | GGCCAGGCAGGGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCACCAGGATTTCCGAACGCAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGTTCGCGCCCGGGAATC > NC_002947/403131‑403429 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |