Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 432,997 | A→T | 7.7% | intergenic (+19/+28) | PP_0355 → / ← glcB | two‑component system response regulator/malate synthase G |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 432,997 | 0 | A | T | 7.7% | 787.0 / 38.1 | 245 | intergenic (+19/+28) | PP_0355/glcB | two‑component system response regulator/malate synthase G |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (131/95); new base T (10/9); total (141/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
TGGTGTCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAACGCCACGTTGT > NC_002947/432848‑433146 | tggtgTCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTaa > 1:287219/1‑150 (MQ=255) tggtgTCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTaa > 1:3706629/1‑150 (MQ=255) gtgtCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTaaaa < 2:6696921/150‑1 (MQ=255) tgtCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAAc > 1:1383108/1‑150 (MQ=255) tgtCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACAGAAAATTGGATGAGGCGCCAGGGGGACCGTAAAAc < 1:3207943/150‑1 (MQ=255) tCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACgg > 1:6388314/1‑150 (MQ=255) tCGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACgg > 1:5234838/1‑150 (MQ=255) cGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGt < 1:3231862/150‑1 (MQ=255) cGGGCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGt < 2:5170576/150‑1 (MQ=255) gggCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTc > 2:6122829/1‑150 (MQ=255) gggCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTc < 1:4075730/150‑1 (MQ=255) gCGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTccc > 1:4815322/1‑150 (MQ=255) cGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTTTTACGGTcccc < 2:2541925/150‑1 (MQ=255) cGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTTTTACGGTcccc < 1:4914871/150‑1 (MQ=255) cGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTcccc < 2:6777051/150‑1 (MQ=255) cGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTcccc < 2:562335/150‑1 (MQ=255) cGACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTcccc < 1:6408185/150‑1 (MQ=255) gACACCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTTTTACGGTccccc < 1:1753142/150‑1 (MQ=255) acacCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTTTTACGGTCCCCCt < 1:4010507/150‑1 (MQ=255) cacCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTTTTACGGTCCCCCTg < 1:4210899/150‑1 (MQ=255) acCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTTTTACGGTCCCCCTgg < 2:5768445/150‑1 (MQ=255) acCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTgg > 2:6498026/1‑150 (MQ=255) acCGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTgg > 1:1932982/1‑150 (MQ=255) cGATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGgca > 2:2278282/1‑150 (MQ=255) gATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGgcag > 2:3557011/1‑150 (MQ=255) gATGTGGAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGgcag > 2:4548699/1‑150 (MQ=255) gAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGAtg > 2:2290518/1‑150 (MQ=255) gAAGAGGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGAtg > 2:6294876/1‑150 (MQ=255) gagGCAGTGGAGGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGAtgctg < 2:2657406/150‑1 (MQ=255) agGCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGAtgctgc < 2:6388314/150‑1 (MQ=255) gCAGTGGATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGAGGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCtt < 2:432658/150‑1 (MQ=255) gATGTGATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAAcc > 2:1726646/1‑150 (MQ=255) tgATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGtt < 1:262553/150‑1 (MQ=255) tgATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGtt < 2:5656181/150‑1 (MQ=255) gATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGTTCTGGTCTAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAAGGGTCCCCCTGGCAGCAGATTCTGCTTACAACCCGTTa < 2:3351090/150‑1 (MQ=255) gATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTa > 1:650333/1‑150 (MQ=255) gATGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTa > 1:5426559/1‑150 (MQ=255) aTGCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTAc > 1:5656674/1‑150 (MQ=255) gCACCTGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTAcgc < 1:332683/150‑1 (MQ=255) tGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCtt < 2:5099597/150‑1 (MQ=255) tGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCtt < 2:1504660/150‑1 (MQ=255) tGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCtt < 1:6083109/150‑1 (MQ=255) tGGGGGTGGTGGACTTCCTGCTCAAGCCGGTGGATCTGGGCAAGCTGTTGGAGCTGGTGAACAAAGAACTGAAAATTGGATGATGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCtt < 1:6082770/150‑1 (MQ=255) 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gatgatGCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAAACCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCcac > 2:3632245/1‑150 (MQ=255) atgatgCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCcaca > 2:1860251/1‑150 (MQ=255) gatgCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAgc > 2:4545070/1‑150 (MQ=255) gatgCGCCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAgc > 1:1047366/1‑150 (MQ=255) tgctgcCAGGGGGACCGTTTTACGGTCCCCCTGGC‑GCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAgccg > 1:5360315/5‑150 (MQ=39) tgccgcCAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAgcc > 1:2194015/4‑150 (MQ=255) ccAGGGGGACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTg > 2:6485756/1‑150 (MQ=255) gggggACCGTTTTACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGaa > 1:1902858/1‑150 (MQ=255) ggggACCGTTTTACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAAc > 2:66128/1‑150 (MQ=255) ggggACCGTAAAACGGTCCCCCTGGCAGCAGATGCTGCTTACAACCCGTTACGCGCCTTGAACTCGCGGCGACGGCGGTGCAGTACCGGCTCGGTATAACCGTTCGGTTGCTTGCCACCTTCCACTACCAGTTCCACAGCCGCCTGGAAc > 1:2675240/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |