Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,993,359 | G→C | 6.6% | intergenic (+32/+62) | ycgR → / ← PP_4398 | flagellar brake protein YcgR/MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,993,359 | 0 | G | C | 6.6% | 864.8 / 37.6 | 258 | intergenic (+32/+62) | ycgR/PP_4398 | flagellar brake protein YcgR/MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (119/122); new base C (9/8); total (128/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
CACCACCTTTGCCGGCGTGCGTTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGACTTGCTGACCTCTTCAGGCGCCTGTTGCTGCGCGCCCTTCTCTTCATCCTCGGTGTCTTCAGCCGCCACCGGCGCCTGC > NC_002947/4993210‑4993508 | accaccTTTGCCGGCGTGCGTTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACctgc > 2:3096328/1‑150 (MQ=255) ccGGCGTGCGTTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCg < 2:6028023/150‑1 (MQ=255) ggCGTGCGTTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTCAGCAGGTGGCGtt < 2:6505154/150‑1 (MQ=255) cgtgcgtTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGAAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTCAGCAGGTGGCGtttt < 1:3495001/150‑1 (MQ=255) gtgcgtTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTc < 2:1338497/150‑1 (MQ=255) gcgtTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTCAGCAGGTGGCGTTTTctg < 1:2007622/150‑3 (MQ=255) cgtTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCAtt < 1:1329609/150‑1 (MQ=255) cgtTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCAtt < 2:5666355/150‑1 (MQ=255) gtTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCAttt < 2:1983500/150‑1 (MQ=255) gtTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCAttt < 1:3651045/150‑1 (MQ=255) gtTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCAttt < 1:3541080/150‑1 (MQ=255) gtTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCAttt < 1:3145333/150‑1 (MQ=255) ttCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTtgt < 2:6397160/150‑1 (MQ=255) cacaACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGtt > 2:304505/1‑150 (MQ=255) acaACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGttt > 2:83107/1‑150 (MQ=255) aaCCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTct > 2:1200123/1‑150 (MQ=255) cTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTctgct < 1:4445717/150‑1 (MQ=255) tGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTctgctg > 1:3092476/1‑150 (MQ=255) 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gagaGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCg < 2:537943/150‑1 (MQ=255) gagaGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCg > 2:4576690/1‑150 (MQ=255) gagaGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCg < 1:3768628/150‑1 (MQ=255) agTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTc < 1:3866006/150‑1 (MQ=255) gTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTcc < 2:2882345/150‑1 (MQ=255) 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aaaaCGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCGTCGCCGGTAAACCCGCTCCTACACCGACTTGCTGACCTCATCACGCCCCAGTTGCTGCGCGCCCTTCTCTTCAACCTCGGTGTCTTCAgccgcc > 2:3182493/1‑150 (MQ=255) aaCGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACCGACTTGCTGACCTCTTCAGGCGCCTGTTGCTGCGCGCCCTTCTCTTCATCCTCGGTGTCTTCAGCCGCCAc > 1:5090916/1‑150 (MQ=255) aaCGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGACTTGCTGACCTCTTCAGGCGCCTGTTGCTGCGCGccc > 1:6266017/1‑118 (MQ=255) aaCGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGACTTGCTGACCTCTTCAGGCGCCTGTTGCTGCGCGccc < 2:6266017/118‑1 (MQ=255) aaCGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGACTTGCTGACCTCTTCAGGCGCCTGTTGCTGCGCGCCCTTCTCTTCATCCTCGGTGTCTTCAGCCGCCAc > 2:1632853/1‑150 (MQ=255) aaCGCCACCTCAGCAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGACTTGCTGACCTCTTCAGGCGCCTGTTGCTGCGCGCCCTTCTCTTCATCCTCGGTGTCTTCAGCCGCCAc > 2:2796244/1‑150 (MQ=255) aaCGCCACCTCAGCAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGACTTGCTGACCTCTTCAGGCGCCTGTTGCTGCGCGCCCTTCTCTTCATCCTCGGTGTCTTCAGCCGCCAc > 2:269180/1‑150 (MQ=255) aCCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGACTTGCTGACCTCTTCAGGCGCCTGTTGCTGCGCGCCCTTCTCTTCATCCTCGGTGTCTTCAGCCGCCACCGgcgc < 1:5740914/150‑1 (MQ=255) aCCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGACTTGCTGACCTCTTCAGGCGCCTGTTGCTGCGCGCCCTTCTCTTCATCCTCGGTGTCTTCAGCCGCCACCGgcgc < 2:5877195/150‑1 (MQ=255) ccTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGACTTGCTGACCTCTTCAGGCGCCTGTTGCTGCGCGCCCTTCTCTTCATCCTCGGTGTCTTCAGCCGCCACCGGCGcc < 2:148071/150‑1 (MQ=255) gctgAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCCGGTAAACCCGCACCTACACCGACATGCAGACCACGTCAGGCGCCAGTTGCGGCGCGCCCTTCTCTTCATCCTCGGTGTCTTCAGCCGCCACCGGCGCCAGc > 2:1919179/1‑150 (MQ=255) | CACCACCTTTGCCGGCGTGCGTTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGACTTGCTGACCTCTTCAGGCGCCTGTTGCTGCGCGCCCTTCTCTTCATCCTCGGTGTCTTCAGCCGCCACCGGCGCCTGC > NC_002947/4993210‑4993508 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |