| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,130,083 | C→T | 7.0% | intergenic (+60/‑122) | PP_4511 → / → PP_4512 | AraC family transcriptional regulator/DMT superfamily permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,130,083 | 0 | C | T | 7.0% | 579.9 / 23.4 | 200 | intergenic (+60/‑122) | PP_4511/PP_4512 | AraC family transcriptional regulator/DMT superfamily permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (81/104); new base T (10/4); total (92/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.43e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
TAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGCGGG‑TTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCAC > NC_002947/5129936‑5130232 | cTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC < 1:5659524‑M1/150‑1 (MQ=255) cTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC < 2:3618723‑M1/150‑1 (MQ=255) cTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC < 2:1568039‑M1/150‑1 (MQ=255) cGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGG < 1:4069967‑M1/150‑1 (MQ=255) cGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGG < 2:5379425‑M1/150‑1 (MQ=255) cAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGT < 2:6875244‑M1/150‑1 (MQ=255) cAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGT < 2:6434548‑M1/150‑1 (MQ=255) tGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAac > 2:1922898‑M1/1‑148 (MQ=255) tGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTGCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTGTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACC > 2:3953356‑M1/1‑150 (MQ=255) cTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGC < 2:3406579‑M1/150‑1 (MQ=255) ttttCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCT < 1:2816043‑M1/150‑1 (MQ=255) ttttCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACCGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCCCT > 2:3051448‑M1/1‑150 (MQ=255) tttCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTC < 1:3449757‑M1/150‑1 (MQ=255) ttCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCgaa < 1:5510534‑M1/150‑4 (MQ=255) cAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCaa > 1:6747879‑M1/1‑148 (MQ=255) cAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA < 2:6613229‑M1/150‑1 (MQ=255) gcggcgATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA < 1:2272566‑M1/150‑1 (MQ=255) gcggcgATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAACCGCTCCaaaa > 2:953109‑M1/1‑146 (MQ=255) cggcgATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAG < 1:5570100‑M1/150‑1 (MQ=255) gctgcGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGccc < 2:1490342/150‑1 (MQ=255) gctgcGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGGAAAACCCCGCCCACAGGagggcc > 1:6363232/1‑145 (MQ=255) gTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGaa < 2:4974202/150‑1 (MQ=255) gTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGaa < 2:331418/150‑1 (MQ=255) gTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGaa < 2:4551503/150‑1 (MQ=255) ttCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAt < 1:4776541/150‑1 (MQ=255) ttCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAt < 1:5895656/150‑1 (MQ=255) ttCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAt < 1:6272783/150‑1 (MQ=255) gggTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCCCTCCAACAGGATGCCCCCCCCGGACtggt > 2:1688103/1‑148 (MQ=255) ggTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAtgttg < 1:2953566/150‑1 (MQ=255) ggTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAtgttg < 2:2677420/150‑1 (MQ=255) gtgtACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAttttgt < 2:2502912/150‑1 (MQ=255) gtgtACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAtgttgt < 1:1347980/150‑1 (MQ=255) gtgtACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAtgttgt < 1:1910714/150‑1 (MQ=255) cggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAtgttgt > 2:2643345‑M1/94‑150 (MQ=255) tgtACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTtgtg < 2:12026/150‑1 (MQ=255) tgtACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTtgtg < 1:3689396/150‑1 (MQ=255) tgtACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTtgtg < 1:3796791/150‑1 (MQ=255) tgtACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTtgtg < 1:4036422/150‑1 (MQ=255) tttGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcct > 2:1850566‑M2/1‑147 (MQ=255) tttGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcct > 2:4311254‑M2/1‑147 (MQ=255) tttGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcct > 1:602995‑M2/1‑147 (MQ=255) tttGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcct > 1:384359‑M2/1‑147 (MQ=255) tttGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCCCTCCAACACGAATCCCCCCCCAGAATGTTGTGCCAAAccg < 2:4103533‑M2/150‑4 (MQ=255) ttGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcctg > 2:1788631‑M2/1‑146 (MQ=255) tGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGttttgcacaacattcaggcgggggcatcctgt < 1:1039175‑M1/150‑33 (MQ=255) tGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGAGAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcctgt > 2:5888146‑M2/1‑145 (MQ=255) ggCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGttttgcacaacattcaggcgggggcatcctgta < 1:6864935‑M1/150‑34 (MQ=255) ggCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGttttgcacaacattcaggcgggggcatcctgta < 1:1711555‑M1/150‑34 (MQ=255) ggCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcctgta > 1:1746222‑M2/1‑144 (MQ=255) ggCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcctgta > 2:4589888‑M2/1‑144 (MQ=255) ggCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcctgta > 2:6004864‑M2/1‑144 (MQ=255) ggCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcctgta > 2:6066238‑M2/1‑144 (MQ=255) agaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggagcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagTGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCTCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTa > 2:4691535‑M1/82‑150 (MQ=255) gaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagTGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAg > 1:3899873‑M1/81‑150 (MQ=255) gCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcctgtag > 1:5017754‑M2/1‑143 (MQ=255) gCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcctgtag > 1:3601776‑M2/1‑143 (MQ=255) aacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAgg > 2:1378478‑M1/80‑150 (MQ=255) tttGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAACCGCGACTACAGGATGCCCCCCCCGGAATGTTTTGCAAAAccggtatga < 2:3059849‑M2/150‑10 (MQ=255) tttGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAACCGCACCTAAAGGATGCCCCCGCCTGAAAGTTGTGCAAAAcctgtaggg < 2:5350451‑M2/150‑10 (MQ=255) tttGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAACCCCGCCAACAGGATGCCCCCCCCCGAAAGTTGTGGAAAAccaggaggg < 1:3195419‑M2/150‑10 (MQ=255) tGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGttttgcacaacattcaggcgggggcatcctgtaggagc < 1:6258764‑M1/150‑39 (MQ=255) tGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGttttgcacaacattcaggcgggggcatcctgtaggagc < 1:2436352‑M1/150‑39 (MQ=255) tGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcctgtaggagc > 2:2807286‑M2/1‑139 (MQ=255) tGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcctgtaggagc > 1:5689687‑M2/1‑139 (MQ=255) gcggcgAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGttttgcacaacattcaggcgggggcatcctgtaggagcg < 1:935707‑M1/150‑40 (MQ=255) cggcgAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGATTGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcctgtaggagcgg > 1:5354585‑M2/1‑137 (MQ=255) cggcgAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcctgtaggagcgg > 1:5222441‑M2/1‑137 (MQ=255) cgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagTGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGCgg > 2:5727756‑M1/75‑150 (MQ=255) cgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGCgg > 1:663478‑M1/75‑150 (MQ=255) ggcgAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGttttgcacaacattcaggcgggggcatcctgtaggagcggg < 1:1193026‑M1/150‑42 (MQ=255) gcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGCggg > 2:6131103‑M1/74‑150 (MQ=255) gcgAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcctgtaggagcgggt > 1:3139531‑M2/1‑135 (MQ=255) tCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcctgtaggagcgggtttacccg > 1:6613446‑M2/1‑128 (MQ=255) gATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAACCCCGCCTACAGGATGCCCCCCCCGGAATGGTGTGCAAAAcctggaggagcgggtttacccgcgacag < 2:5192751‑M2/150‑29 (MQ=255) tAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcctgtaggagcgggtaaacccgctcctaca > 1:1075826‑M2/1‑120 (MQ=255) tAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAcctgtaggagcgggtaaacccgctcctaca > 1:4520704‑M2/1‑120 (MQ=255) acggACAGCTGTCTTGCGACATAATTTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGCGGG‑TTTACCCGCGAAAGGGcc < 2:4758241/147‑1 (MQ=255) cTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGCGGT‑TTTACCCGCGAAAGGGCCg < 2:3466856/150‑1 (MQ=255) tGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTTAACACCCACCAAAAAGATTCCCCCCCCGGTCAGTTGGGGAAAACCGGGAGGCTCGGGTTTTACCCGGGAAAGGCCCg > 1:5473089/1‑150 (MQ=255) tGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAACCCCGCCGAAAGGGAGCCCCCGCCGGATTGTTTTGCAAAACCGGGAGGAGCGGG‑TTTAACCGCGAAATTGCCgg > 1:2182149/1‑150 (MQ=255) ccgTCTTGCCACTTATTGTTTTTGCCTGTGGCTTTAAAGTTTGCTTTGGCCGGCCCCTCCGGGGGTAAACCCGCCCCTCCGGTAGGCCCCCGCCTGAATGTTGTGAAAAACGTGTCGGCGCGGT‑TTAACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGc < 2:19476/148‑1 (MQ=255) ttGCGACCGAATGTGTTGGCCTGCGGATTTACACTTGGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAACCCCGCTCCACCCGGATGCCCCCCCCTGAAGGTGGGGCAAAACCTGTAGGCGGGGG‑TTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTa < 2:4004269/150‑1 (MQ=37) ttGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAATCACGCGCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATTTTTTGCAAAAACTGTAGGAGCGGG‑TTTAACCCAGAAAGGGCCGGCCCTGCCTGTa > 2:2122488/1‑150 (MQ=255) ttGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCCCGCCAACAGGAAGCCCCCCCCGGAATGTTGTGCAAAAACGGGAGGAGCGGG‑TTTAACCCCGAAAGGGCCGGCACAGCCTGTa > 2:2903837/1‑150 (MQ=255) tGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATTCCCCCCCCTGGAAGTTGTGCAAAACCTGGAGGAGCGGG‑TTTACCCGCCAAAGGGCCCGCACGGCCGGTag > 2:1106235/1‑150 (MQ=37) cGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCGTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCGACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGCGGG‑TTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTagag < 2:3738670/150‑1 (MQ=255) gAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACACGATGCCCCCGCCGGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGCGGG‑TTTACCCGCGCAAGGGCCGGCCCTGCCGGTAGAGAtctc > 2:2736209/1‑150 (MQ=38) aaTGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAACCCCGCCTACAGGCTGCCCCCCCCGGAAAGTTTTGCCAAACCGGTAGGGGCGGG‑TTTACCCCCGAAAGGGCCGGCACAGCCGGTAGatataaac > 2:2348477/1‑146 (MQ=255) aaTGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAAACGCTCCAACAGGATGCCCCCCCCGGAATGTTTTGCAAAAACAGTATGAGCGGG‑TTTACCCGCGAAATGGCCGGCACAGCCGGTAGAGATCTcc > 2:1277956/1‑150 (MQ=255) ttgtGCCTTAGGATTTACAATTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGATCCTACAGTATGCCCCCGCTTGATTTTTGTGAAAAACGTTTAGGAGCGGG‑TTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCaa < 1:4970914/147‑1 (MQ=37) gtTTGCCTGTGGCTTTACACTTTGCCTTGGCCGGCCCCTGCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGGTGTGCAAAACCTGTAGGAGCGGT‑TTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCaa < 2:6357795/150‑1 (MQ=38) tGCCTGAGTCTTTACACTTTGCCTTGGCCGGCCCCTTCGCGGTTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCATTAATGTTGTGCAAAACCTGTCGGAGCGGT‑TTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGa < 2:943100/150‑1 (MQ=38) ggCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTGCGGGGGTAAACCCGCTCCTCCCGGATGCCCCCGCCTGATTGTTGTGCAAAACCTGTTGGAGGGGG‑TTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGa < 2:6307197/149‑1 (MQ=38) ccTGAGGCTTTCCACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGAAAAACCTGTAGGAGCGGG‑TTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGAcc < 2:6361815/150‑1 (MQ=255) tttgcctttgccGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCCCTCCAAAACGCTGCCCCCCCCGGAATGTTGTGCAAAACCGGTAGGAGCGGG‑TTTAACCCCGAAAGGGCCGGCACTGCCGGTAGAGATCTCCAACAAGGCACCCCCAAGAaccaccc > 2:3254027/1‑149 (MQ=255) tttgccGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTATGCCCCCGCCTTATTTTGGTGAAAAACCTGTCGCTGCGGG‑TTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCaccgcaccgc < 1:2764176/150‑1 (MQ=38) ggccgccCCCTTCGGGGTTAACCCCGCACCTCCCGGCCCCCCCCGCCTTCTTTTTCTCCAACCCCTGGTGGCGGGGT‑TTAACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGccc < 1:6319971/149‑1 (MQ=255) CGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTCCAGGATCCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACGTGTCGGAGGGGG‑TTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCg > 1:1556474‑M1/1‑150 (MQ=255) CCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCGGTAGGAGCGGG‑TTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGgcgc < 2:6771287‑M1/150‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGCGGG‑TTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCAc > 2:1647116/1‑150 (MQ=255) | TAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGCGGG‑TTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCAC > NC_002947/5129936‑5130232 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |