Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,164,776 | G→C | 6.4% | intergenic (+42/+64) | PP_4542 → / ← PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,164,776 | 0 | G | C | 6.4% | 512.6 / 9.7 | 163 | intergenic (+42/+64) | PP_4542/PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/86); new base C (8/4); total (71/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
AAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGA‑GCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCC > NC_002947/5164627‑5164924 | aaGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAg < 2:5319912/150‑1 (MQ=255) aaGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAg < 1:5461615/150‑1 (MQ=255) aaGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTGTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAg > 1:2791977/1‑150 (MQ=255) 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cTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGA‑GCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGaaaa > 2:3650120/1‑150 (MQ=255) cTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGA‑GCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGaaaa > 1:4696940/1‑150 (MQ=255) cTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGA‑GCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGaaaa > 1:2671794/1‑150 (MQ=255) cTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGA‑GCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGaaaa > 2:2073617/1‑150 (MQ=255) acacAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGA‑GCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGTCCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtc > 1:1979486/1‑150 (MQ=255) acacAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGA‑GCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtc > 2:6423812/1‑150 (MQ=255) acacAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGA‑GCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtc > 2:4181896/1‑150 (MQ=255) acacAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGA‑GCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtc > 1:3227315/1‑150 (MQ=255) cacaGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGT‑GCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtcc < 2:1643567/150‑1 (MQ=255) cacaGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGA‑GCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtcc > 2:4776974/1‑150 (MQ=255) cacaGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGA‑GCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtca > 2:1983699/1‑149 (MQ=255) acaGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGA‑GCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCgcgc < 1:663815/100‑1 (MQ=255) ccggTTCGCTCTGGT‑TGTAGGC‑GCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtcctc < 2:552062/148‑1 (MQ=255) caGGTTCGCTTTCGT‑TGTAGGT‑GCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGGTCCTGCAGCAGAAAAtcctc < 2:2084287/150‑1 (MQ=255) aGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGA‑GCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtcctcc > 2:3866302/1‑150 (MQ=255) aGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGA‑GCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtcctcc > 1:5686675/1‑150 (MQ=255) | AAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGA‑GCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCC > NC_002947/5164627‑5164924 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |