| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,164,785 | T→A | 5.0% | intergenic (+51/+55) | PP_4542 → / ← PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,164,785 | 0 | T | A | 5.0% | 520.6 / 6.7 | 173 | intergenic (+51/+55) | PP_4542/PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (75/83); new base A (5/4); total (83/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCACCGCCCGC > NC_002947/5164637‑5164933 | ttGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATc < 2:3356207/150‑1 (MQ=255)ttGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATc < 2:6818144/150‑1 (MQ=255)ttGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATc < 1:4175583/150‑1 (MQ=255)ttGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAAACCCCACCTACACCCGTTAGCGATc > 1:4530682/1‑150 (MQ=255) gTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATC‑Gt < 2:3684755/150‑1 (MQ=255) tCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCTAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACGACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACTCCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATC‑Gt‑t < 1:3428755/150‑1 (MQ=255) tCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATC‑Gt‑t < 2:4730647/150‑1 (MQ=255) tCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATC‑Gt‑t < 2:722973/150‑1 (MQ=255) 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aGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATC‑GT‑TGt > 2:4530120/1‑135 (MQ=255) aGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTAcc < 2:1371624/150‑1 (MQ=255) aGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGATAGCGAAC‑CTGTGTAGGAGC‑GGGTTTAcc < 1:4765013/150‑1 (MQ=25) aGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGATAGCGAAC‑CTGTGTAGGAGC‑GGGTTTAcc < 2:4305283/150‑1 (MQ=25) gTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTAccc < 1:5229081/150‑1 (MQ=255) gTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTAccc < 1:5229156/150‑1 (MQ=255) gTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTAccc < 1:5370813/150‑1 (MQ=255) ttGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCcgctcc < 2:3133891/150‑4 (MQ=255) tGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑gg > 1:1306976/1‑133 (MQ=255) gAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGGGAAACCCCGCCCACACACGTTCGCGATC‑GG‑TTTGTGGGC‑GGGGTTTGCCCCGAAAAAGcc > 1:5430905/1‑150 (MQ=255) 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tCCTACACAGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGaa > 2:620369/1‑150 (MQ=255) ccTACACCGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGTGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGaaa < 2:1301990/150‑1 (MQ=255) cTACACAGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGaaaa > 2:2073729/1‑150 (MQ=255) cTACACAGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGaaaa > 1:4696940/1‑150 (MQ=255) cTACACAGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGaaaa > 1:2671794/1‑150 (MQ=255) acacAGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtc > 2:4181896/1‑150 (MQ=255) acacAGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtc > 2:6423812/1‑150 (MQ=255) acacAGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtc > 1:3227315/1‑150 (MQ=255) acacAGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTGTACCCGCGACATGGCCGGCACAGGCACCACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTCGGGCAACATCCCCCGCGCAACTTCGGCATACCCCTAGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtc > 2:5444852/1‑150 (MQ=255) cacaGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGTGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtcc < 2:1643567/150‑1 (MQ=255) cacaGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtcc > 2:4776974/1‑150 (MQ=255) cacaGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtca > 2:1983699/1‑149 (MQ=255) cacaGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCGTGACCCCTTCCCGGTCCTGCAGCCGAAAAtcc > 2:4577066/1‑150 (MQ=255) acaGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCgcgc < 1:663815/100‑1 (MQ=255) acaGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCgcgc > 2:663815/1‑100 (MQ=255) ccggTTCGCTCTG‑GT‑TGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtcctc < 2:552062/148‑1 (MQ=255) gTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTACCTGCAGCAGAAAATCCTCCAc > 1:5615994/1‑150 (MQ=255) gTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGACGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCAc > 2:2585211/1‑150 (MQ=255) cGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTg > 1:82059/1‑129 (MQ=255) gCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCAccgcc > 2:2858741/1‑150 (MQ=255) tATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCAccgcccg > 1:5581906/1‑150 (MQ=255) tATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCAccgcccg > 2:3485513/1‑150 (MQ=255) tATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCAccgcccg > 1:1551839/1‑150 (MQ=255) tATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCAccgcccg > 1:6248163/1‑150 (MQ=255) aTC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTACAccgcccgc > 2:6639534/1‑150 (MQ=255) aTC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCATTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCAccgcccgc > 2:2454969/1‑150 (MQ=255) | TTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCACCGCCCGC > NC_002947/5164637‑5164933 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |