| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,164,792 | A→T | 10.0% | intergenic (+58/+48) | PP_4542 → / ← PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,164,792 | 0 | A | T | 10.0% | 392.5 / 7.6 | 150 | intergenic (+58/+48) | PP_4542/PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (73/51); new base T (4/13); total (79/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.42e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
AGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGC‑TATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCACCGCCCGCCGCAACCC > NC_002947/5164643‑5164941 | agagTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGC‑TATC‑GT‑TGTa < 2:4302294/150‑1 (MQ=255)agagTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGC‑TATC‑GT‑TGTa < 1:5083832/150‑1 (MQ=255)agagTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGC‑TATC‑GT‑TGTa < 1:4500725/150‑1 (MQ=255) 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agcagcAAGGGCTGTCTGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTGCGGGGGTAAACCCGCGCCTACACAGGTTCGC‑AATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCg < 2:4504479/150‑1 (MQ=39) cagcaAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGGACACCCCCGCCAACACACGTTCGC‑GCTC‑GG‑GGGTGGGGC‑GGGGTTTCCCCCGAAAAGGCCCGc > 2:13654/1‑150 (MQ=255) caAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTGAAACCCCGCCCACACCGGGTGGC‑GATC‑GG‑TTTAGGGGC‑GGGGTTTACCGCGAAAAAGCCCGcccc > 1:1643567/1‑147 (MQ=255) caAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCGTTTCGCCGGGAAACCCCCGCCGACACACGGTCGC‑GAGA‑GG‑TGTGGGGGCGGGGGTTACCCCCAAAAAGCCCgccca > 1:552062/1‑146 (MQ=255) acgggCTGTATGCGGGGTTGTGGCACCACCAGCCCGGTGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGGGGCCTTTGCGGGGGTAAACCGGGTCCTACACCGGTGCGC‑TTTG‑GT‑TGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAg < 2:3845117/148‑1 (MQ=255) 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acacAGGTTCGC‑TATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGTCCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtc > 1:1979486/1‑150 (MQ=255) acacAGGTTCGC‑TATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtc > 2:6732906/1‑150 (MQ=255) acacAGGTTCGC‑TATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtc > 2:6423812/1‑150 (MQ=255) acacAGGTTCGC‑TATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtc > 2:4181896/1‑150 (MQ=255) acacAGGTTCGC‑TATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtc > 1:3227315/1‑150 (MQ=255) cacaGGTTCGC‑TATC‑GT‑TGTAGGTGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtcc < 2:1643567/150‑1 (MQ=255) cacaGGTTCGC‑TATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCGTGACCCCTTCCCGGTCCTGCAGCCGAAAAtcc > 2:4577066/1‑150 (MQ=255) acaGGTTCGC‑TATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCgcgc < 1:663815/100‑1 (MQ=255) acaGGTTCGC‑TATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtcct > 2:4654817/1‑150 (MQ=255) caGGTTCGC‑TTTC‑GT‑TGTAGGTGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGGTCCTGCAGCAGAAAAtcctc < 2:2084287/150‑1 (MQ=255) aGGTTCGC‑TATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAAtcctcc > 1:5686675/1‑150 (MQ=255) gTTCGC‑TATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTACCTGCAGCAGAAAATCCTCCAc > 1:5615994/1‑150 (MQ=255) gTTCGC‑TATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGACGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCAc > 2:2585211/1‑150 (MQ=255) cGC‑TATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTg > 1:82059/1‑129 (MQ=255) cGC‑TATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTg < 2:82059/129‑1 (MQ=255) gC‑TATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCAccgcc > 2:2858741/1‑150 (MQ=255) tATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCAccgcccg > 1:4410373/1‑150 (MQ=255) tATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCAccgcccg > 1:5581906/1‑150 (MQ=255) aTC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCAccgcccgc < 2:5505780/150‑1 (MQ=255) aTC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTACAccgcccgc > 2:6639534/1‑150 (MQ=255) aTC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCATTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCAccgcccgc > 2:2454969/1‑150 (MQ=255) tAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCACCGCCCGCCGCAAcc > 2:6082772/1‑150 (MQ=255) | AGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGC‑TATC‑GT‑TGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGACCCCTTCCCGTTCCTGCAGCAGAAAATCCTCCACCGCCCGCCGCAACCC > NC_002947/5164643‑5164941 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |