| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,204,642 | G→C | 10.6% | intergenic (+20/+53) | PP_4579 → / ← PP_4580 | LysR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,204,642 | 0 | G | C | 10.6% | 638.2 / 54.6 | 207 | intergenic (+20/+53) | PP_4579/PP_4580 | LysR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/121); new base C (6/16); total (70/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
CGAGCCTTGAGCTGGTGGTGGCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGCACA > NC_002947/5204495‑5204788 | gCCTTGAGCTGGTGGTGGCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGcc < 2:3007274/150‑1 (MQ=255) cTTGAGCTGGTGGTGGCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCt > 1:5887864/1‑150 (MQ=255) cTTGAGCTGGTGGTGGCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCt > 2:1857015/1‑150 (MQ=255) 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tggtggtggCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCgg > 1:3936558/1‑150 (MQ=255) tggtggtggCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCgg < 2:5412624/150‑1 (MQ=255) tggtggtggCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCgg > 2:267635/1‑150 (MQ=255) ggtggtggCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCggg > 1:4489734/1‑150 (MQ=255) ggtggtggCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCggg < 1:2823094/150‑1 (MQ=255) 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ccGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGc < 2:6828356/150‑1 (MQ=255) ggggTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTGGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGGGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCg < 1:1617337/150‑1 (MQ=255) gggTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCgg < 2:4262731/150‑1 (MQ=255) gCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCggtacag < 2:2764463/150‑1 (MQ=255) ttGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCTTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCggtacaggta < 2:2566831/150‑1 (MQ=255) 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cAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGTGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc > 2:6161120/1‑150 (MQ=255) cAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc > 2:2157219/1‑150 (MQ=255) cAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 2:151321/150‑1 (MQ=255) aaCAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCCTGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACACCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCGTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCCATCCCCCGCAACAGGCTTTCGcccc > 2:1300298/1‑149 (MQ=255) aaCAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCCTGCCCGCGAAAGGGCCGGGACAGGTACAGCAGAACGTAGCGCCCGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACca > 2:2109572/1‑150 (MQ=255) aaCAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGCAAGGGCCGGTACAGGTACCGCAGAACTTAGCGCCCGCTCTCTTTCCCCACCCTGCGCCGCCCGCCCCGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCGTTCGACca > 2:6501454/1‑150 (MQ=39) aCAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATca < 1:462659/116‑1 (MQ=255) tctcCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCTAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAg < 1:3668758/150‑1 (MQ=255) tctcCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAg < 1:2775246/150‑1 (MQ=255) tcCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGc < 1:6581504/150‑1 (MQ=255) tcCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGc < 1:6431751/150‑1 (MQ=255) ccGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGcc < 1:6256315/150‑1 (MQ=255) gCCTTTAGCGGCCCTTTCGCGGGCTTGCCCGCTAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAg < 1:5168930/150‑1 (MQ=255) gCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAg < 2:1438629/150‑1 (MQ=255) gCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCAGGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAg < 1:2987325/150‑1 (MQ=255) gTAGCGGCCCTTTCGCGGGCAAGCCCGCCCAAGGGCCCGTACAGGTAAAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCGTTCACCACCCAGCACCGCCCGCCCCGGCTCACCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCCGcaca > 2:1909780/1‑150 (MQ=255) gTAGCGGCCCTTTCGCGGGCAAGCCCGCCAAAGGGCCCGTACAGGTACAGCAGAACATAACGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCCCCCCCCCAGGATCAACCAGCCAAAACCCAACAACACGCGTTCGACCACCAAGGCCAGcaca > 2:1718363/1‑150 (MQ=255) | CGAGCCTTGAGCTGGTGGTGGCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGCACA > NC_002947/5204495‑5204788 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |