Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,215,290 | T→G | 8.3% | intergenic (‑159/+19) | rnd ← / ← PP_4592 | ribonuclease D/metal dependent hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,215,290 | 0 | T | G | 8.3% | 558.3 / 6.1 | 215 | intergenic (‑159/+19) | rnd/PP_4592 | ribonuclease D/metal dependent hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (116/72); new base G (3/22); total (121/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.08e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
ACTAACATTGGCGCGCAGTATATACGGCGCGGGCACTGCGGGTGAAACTGTCCCGCTTTTCGGGGGCAGTCCACCCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAATGAAGGCAACACGGTGTATGGCCCGGGTTT‑GCCCGGGTTCGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGCCGGCAACCGGCAAACATGTCCAGCGACTGCTGGTAGAGCTCGGTATGTACCTGCAACAGGCCAAGCATCGAGTGGAACAGGTTGTCCTGGGACAGCGGGGCATCGC > NC_002947/5215143‑5215439 | aCTAACATTGGCGCGCAGTATATACGGCGCGGGCACTGCGGGTGAAACTGTCCCGCTTTTCGGGGGCAGTCCACCCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAATGAAGGCAACACGGTGTATGGCCCGGGTTT‑GCCCGGGTTCGCGGGCGTGc < 1:3635141/150‑1 (MQ=255) aCATTGGCGCGCAGTATATACGGCGCGGGCACTGCGGGTGAAACTGTCCCGCTTTTCGGGGGCAGTCCACCCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAATGAAGGCAACACGGTGTATGGCCCGGGTTT‑GCCCGGGTTCGCGGGCGTGCCCGc > 1:6794247/1‑150 (MQ=255) aTTGGCGCGCAGTATATACGGCGCGGGCACTGCGGGTGAAACTGTCCCGCTTTTCGGGGGCAGTCCACCCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAATGAAGGCAACACGGTGTATGGCCCGGGTTT‑GCCCGGGTTCGCGGGCGTGCCCGCTc < 1:3767609/150‑1 (MQ=255) 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tataCGGCGCGGGCACTGCGGGTGAAACTGTCCCGCTTTTCGGGGGCAGTCCACCCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAATGAAGGCAACACCGTGTATGGCCCGGGTTT‑GCCCGGGTTAGCGGGCGGGCCCCCTCCCCCACGGCGTCAg > 1:4774817/1‑150 (MQ=255) ggCGCGGGCACTGCGGGTGAAACGGTCCCGCTTTTCGGGGGCAGTCCACCCTGTGGGTGGGGGCGCGCCCGCGAATGAAGGCAACACGGTGTAGGGCCCGGGTTT‑GCCCGGGTTCGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCtt < 2:5845186/150‑1 (MQ=255) gcggGGGCTCTGGGGGTGAAAGTGGCCCGCTTTTGGGGGGCTGTCCCCCGGGTGGGCGCGGGCGCGCCCGCGACTGACGGCACCACGGTGTAGGGCCGGGGTTT‑GCCCGGTTTCGCGGGGGTGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTg < 1:1555367/150‑1 (MQ=255) gcgcGGGCACTGCGGGTGAAACTGTCCCGCTTTTCGGGGGCAGTCCACCCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAATGACGGCAACACGGGGTATGGCCCGGGTTT‑GCCCGGGTTCGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTg < 2:4526022/150‑1 (MQ=255) cagtGCGGGTGAACCTGTCCCGCTTTTCGGGGGCAGTCCACCCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAATGACGGCAACCGGGTGTATGGCCCGGGTTT‑GCCCGGGTTCGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCgcca < 2:4684283/147‑1 (MQ=38) 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ggTTG‑GCCGGGGTCCGCGGGCGGGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGCCGGCAACCGGCAAACATGTCCAGCGACTGCTGGTAGAGCTCGGTATGTACCTGCAACAGGCCAAGCATCGAGTGGAACAGGTTg < 1:5289060/150‑1 (MQ=255) gTTT‑GCCCGGGTTCGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGCCGGCAACCGGCAAACATGTCCAGCGACTGCTGGTAGAGCTCGGTATGTACCTGCAACAGGCCAAGCATCGAGTGGAACAGGTTGt < 2:6429158/150‑1 (MQ=255) ccttcattCGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGCCGGCAACCGGCAAACATGTCCAGCGACTGCTGGTAGAGCTCGGTATGTACCTGCAACAGGCCAAGCATCGAGTGGAACAGGTTGTCCTgg < 2:4918473/144‑1 (MQ=255) cccGGGTTCGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGccg < 2:2185118/62‑1 (MQ=255) cccGGGTTCGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGCCGGCAACCGGCAAACATGTCCAGCGACTGCTGGTAGAGCTCGGTATGTACCTGCAACAGGCCAAGCATCGAGTGGAACAGGTTGTCCTgg < 1:4464337/150‑1 (MQ=255) cccGGGTTCGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGCCGGCAACCGGCAAACATGTCCAGCGACTGCTGGTAGAGCTCGGTATGTACCTGCAACAGGCCAAGCATCGAGTGGAACAGGTTGTCCTgg > 2:3690822/1‑150 (MQ=255) 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gTTCGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGCCGGCAACCGGCAAACATGTCCAGCGACTGCTGGTAGAGCTCGGTATGTACCTGCAACAGGCCAAGCATCGAGTGGAACAg > 2:1611334/1‑135 (MQ=255) gTTCGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGCCGGCAACCGGCAAACATGTCCAGCGACTGCTGGTAGAGCTCGGTATGTACCTGCAACAGGCCAAGCATCGAGTGGAACAg < 1:1611334/135‑1 (MQ=255) gTTCGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGCCGGCAACCGGCAAACATGTCCAGCGACTGCTGGTAGAGCTCGGTATGTACCTGCAACAGGCCAAGCATCGAGTGGAACAGGTTGTCCTGGGACAg > 1:5832001/1‑150 (MQ=255) ggagcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGCCGGCAACCGGCAAACATGTCCAGCGACTGCTGGTAGAGCTCGGTATGTACCTGCAACAGGCCAAGCATCGAGTGGAACAGGTTGTCCTGGGACAGc > 2:4473973/4‑150 (MQ=255) cgcgGGGGGCCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGCCGGCAACCGGCAAACATGTCCAGCGACTGCTGGTAGAGCTCGGTATGTACCTGCAACAGGCCAAGCATCGAGTGGAACAGGTTGTCCTGGGACAGCgg < 1:1702821/150‑1 (MQ=255) cgcgGGCGGGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGCCGGCAACCGGCAAACATGTCCAGCGACTGCTGGTAGAGCTCGGTATGTACCTGCAACAGGCCAAGCATCGAGTGGAACAGGTTGTCCTGGGACAGCgg < 2:3719968/150‑1 (MQ=255) gcgGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGCCGGCAACCGGCAAACATGTCCAGCGACTGCTGGTAGAGCTCGGTATGTACCTGCAACAGGCCAAGCATCGAGTGGAACAGGTTGTCCTGGGACAGCggg < 1:384721/150‑1 (MQ=255) gcgGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGCCGGCAACCGGCAAACATGTCCAGCGACTGCTGGTAGAGCTCGGTATGTACCTGCAACAGGCCAAGCATCGAGTGGAACAGGTTGTCCTGGGACAGCggg < 1:3983192/150‑1 (MQ=255) gcgGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGCCGGCAACCGGCAAACATGTCCAGCGACTGCTGGTAGAGCTCGGTATGTACCTGCAACAGGCCAAGCATCGAGTGGAACAGGTTGTCCTGGGACAGCggg > 2:4023546/1‑150 (MQ=255) gcgGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGCCGGCAACCGGCAAACATGTCCAGCGACTGCTGGTAGAGCTCGGTATGTACCTGCAACAGGCCAAGCATCGAGTGGAACAGGTTGTCCTGGGACAGCggg < 2:1183025/150‑1 (MQ=255) 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tGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGCCGGCAACCGGCAAACATGTCCAGCGACTGCTGGTAGAGCTCGGTATGTACCTGCAACAGGCCAAGCATCGAGTGGAACAGGTTGTCCTGGGACAGCGGGGCATCGc < 2:4142370/150‑1 (MQ=255) | ACTAACATTGGCGCGCAGTATATACGGCGCGGGCACTGCGGGTGAAACTGTCCCGCTTTTCGGGGGCAGTCCACCCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAATGAAGGCAACACGGTGTATGGCCCGGGTTT‑GCCCGGGTTCGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGCTTCAGCGCTTGGCCGCCAGCCAAGGCCGGCAACCGGCAAACATGTCCAGCGACTGCTGGTAGAGCTCGGTATGTACCTGCAACAGGCCAAGCATCGAGTGGAACAGGTTGTCCTGGGACAGCGGGGCATCGC > NC_002947/5215143‑5215439 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |