| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,279,054 | 0 | C | G | 11.2% | 539.2 / 11.3 | 192 | intergenic (+79/+27) | rlmG/PP_4649 | ribosomal RNA large subunit methyltransferase G/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (103/61); new base G (2/22); total (105/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.28e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
GCGGTTGTTCCGGGGGGTGGAGCAGGTGGCGGCAACGCCCAAGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAA‑CGCCT‑GTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCATCGCCCAGATCAGCAACAGCCAACCCAGTCGCTGCCACAGCGGTTT > NC_002947/5278906‑5279203 | gcgGTTGTTCCGGGGGGTGGAGCAGGTGGCGGCAACGCCCAAGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAA‑CGCCT‑GTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCg > 2:2026195/1‑150 (MQ=255) ggTTGTTCCGGGGGGTGGAGCAGGTGGCGGCAACGCCCAAGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAA‑CGCCT‑GTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTg < 1:6393849/150‑1 (MQ=255) ggTTGTTCCGGGGGGTGGAGCAGGTGGCGGCAACGCCCAAGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAA‑CGCCT‑GTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTg < 1:5054088/150‑1 (MQ=255) 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ttGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCATCGCCCAGATCAGCAACAGCCAACCCAGTCGCTGcc > 1:1881769/1‑150 (MQ=255) ccTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGgccgc < 1:735128/88‑1 (MQ=255) ccTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGgccgc > 2:735024/1‑88 (MQ=255) ccTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCATCGCCCAGATCAGCAACAGCCAACCCAGTCGCTGCcaca > 1:1164857/1‑150 (MQ=255) cTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCATCGCCCAGATCAGCAACAGCCAACCCAGTCGCTGCCACAg > 1:378604/1‑150 (MQ=255) cTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCATCGCCCAGATCAGCAACAGCCAACCCAGTCGCTGCCACAg > 1:2417389/1‑150 (MQ=255) 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GCGGTTGTTCCGGGGGGTGGAGCAGGTGGCGGCAACGCCCAAGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAA‑CGCCT‑GTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCATCGCCCAGATCAGCAACAGCCAACCCAGTCGCTGCCACAGCGGTTT > NC_002947/5278906‑5279203 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |