| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,349,464 | C→G | 9.4% | intergenic (+42/‑136) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,349,464 | 0 | C | G | 9.4% | 540.3 / 37.5 | 171 | intergenic (+42/‑136) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (77/78); new base G (13/3); total (90/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.82e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCG > NC_002947/5349316‑5349613 | tgggcaaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCa < 2:863367/150‑1 (MQ=255) gggcaaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTCGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAg < 2:4283504/150‑1 (MQ=255) aaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCaa < 2:2199832/150‑1 (MQ=255) 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aCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAgg > 2:6165217/1‑136 (MQ=255) aCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 1:682970/1‑150 (MQ=255) aCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 2:4603925/1‑150 (MQ=255) aCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 1:3779262/1‑150 (MQ=255) cccgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGtt > 2:4965590/7‑150 (MQ=25) 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ccgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 2:4699370/6‑150 (MQ=25) ccgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:1954044/6‑150 (MQ=25) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 2:3646643/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:5435468/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:1505562/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 2:4185568/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:3693030/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:881731/1‑150 (MQ=255) tACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 1:3373619/1‑150 (MQ=255) tACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 2:2500772/1‑150 (MQ=255) tACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCAGGGTCGatat > 1:4399016/1‑150 (MQ=255) aCCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATc > 1:1286933/1‑150 (MQ=255) cAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 2:2784959/1‑150 (MQ=255) cAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 2:5790850/1‑150 (MQ=255) cAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 1:5676692/1‑150 (MQ=255) | TGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCG > NC_002947/5349316‑5349613 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |