Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,349,468 | C→T | 11.1% | intergenic (+46/‑132) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,349,468 | 0 | C | T | 11.1% | 458.9 / 38.5 | 173 | intergenic (+46/‑132) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (83/66); new base T (15/4); total (98/75) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.17e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.73e-01 |
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
AAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAA > NC_002947/5349321‑5349616 | aaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCGCTTCGCGGGTAAAACCC‑‑CCAACCCGGccc > 1:6423463/1‑148 (MQ=25) gggCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTAGCCGGTAAAACCG‑‑CCAACCAGGCAAcc > 1:6126252/1‑149 (MQ=255) ggCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAAcgc < 2:837155/150‑1 (MQ=255) ggCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTAATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAAcgc < 2:2753077/150‑1 (MQ=255) cGTTTACCAGCGCTGGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGt < 1:3710128/150‑1 (MQ=255) tttACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTa < 1:5595546/150‑1 (MQ=255) tcctgctcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCt > 2:6098343/8‑150 (MQ=255) aCCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCC‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTAccg > 2:1815092/1‑149 (MQ=255) 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gTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGcc > 1:4340195/1‑150 (MQ=255) tAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCa > 1:6291018/1‑150 (MQ=255) aaaCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCAt > 2:1630570/1‑150 (MQ=255) aCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAgg > 2:6165217/1‑136 (MQ=255) aCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 1:3779262/1‑150 (MQ=255) aCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 1:682970/1‑150 (MQ=255) cccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGtt > 1:5309604/1‑150 (MQ=255) cccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGtt > 1:1846412/1‑150 (MQ=255) ccgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:2015253/6‑150 (MQ=25) ccgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:2511304/6‑150 (MQ=25) ccgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:6548234/6‑150 (MQ=25) ccgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:162205/6‑150 (MQ=25) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGTCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 2:6729293/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 2:4185568/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:1505562/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 2:3646643/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGAAAGGCGTTACCTCTTTGGTGCGGTTTTACCC‑GCGATGTGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc < 1:2200700/150‑1 (MQ=255) cG‑‑CCTACCAGGCCCCGCGTTCCGTGGTCGGCGGGGGTTTACCG‑GGGAAGCGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCg < 2:3583675/150‑1 (MQ=255) cTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCACAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATc > 2:5998063/1‑150 (MQ=37) tACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 2:2500772/1‑150 (MQ=255) aCCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATc > 1:1286933/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCAGGGTCGATATcc > 2:5877694/1‑150 (MQ=255) cAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 1:5676692/1‑150 (MQ=255) aGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGc > 2:5567507/1‑150 (MQ=255) gCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCaa > 1:4929535/1‑150 (MQ=255) gCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCaa > 1:4107456/1‑150 (MQ=255) | AAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAA > NC_002947/5349321‑5349616 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |