| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,478,807 | T→C | 5.2% | N329D (AAC→GAC) ‡ | proA ← | gamma‑glutamyl phosphate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,478,807 | 0 | T | C | 5.2% | 1071.2 / 27.6 | 328 | N329D (AAC→GAC) ‡ | proA | gamma‑glutamyl phosphate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (167/144); new base C (6/11); total (173/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
GAAGCCATCGGCAAAGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCGGGCCATTT > NC_002947/5478658‑5478956 | gAAGCCATCGGCAAAGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGtt > 2:1402940/1‑150 (MQ=255) aGCCATCGGCAAAGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCa < 2:2082482/150‑1 (MQ=255) gCCATCGGCAAAGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAg < 1:5002990/150‑1 (MQ=255) 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gATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTtctc > 1:4272019/1‑150 (MQ=255) tgtgCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCa > 2:5912104/1‑150 (MQ=255) cgtgGTCGACGGCCTGAACCAGGCCATCGAGCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCa > 1:6675453/2‑150 (MQ=255) tgCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGgcg < 1:3899481/96‑1 (MQ=255) tgCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACg > 1:5479885/1‑150 (MQ=255) gCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGa > 1:1924272/1‑150 (MQ=255) cTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGaa > 1:5656156/1‑150 (MQ=255) ccTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGATGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCggg > 1:2668828/1‑150 (MQ=255) ccTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCggg < 1:6067484/150‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCGGGc > 2:6644566/1‑150 (MQ=255) tGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCGGGcc > 1:1619096/1‑150 (MQ=255) 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GAAGCCATCGGCAAAGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCGGGCCATTT > NC_002947/5478658‑5478956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |