| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,478,814 | G→A | 5.2% | D326D (GAC→GAT) | proA ← | gamma‑glutamyl phosphate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,478,814 | 0 | G | A | 5.2% | 1055.3 / 28.1 | 329 | D326D (GAC→GAT) | proA | gamma‑glutamyl phosphate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (162/149); new base A (6/11); total (168/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
CGGCAAAGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCGGGCCATTTCTGGCAG > NC_002947/5478666‑5478963 | ggCAAAGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTc < 1:831105/150‑1 (MQ=255) ggCAAAGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTc > 2:541092/1‑150 (MQ=255) ggCAAAGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTc > 2:4694906/1‑150 (MQ=255) 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cAAAGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGACGGCCTGAACCAGGCCATCGa < 1:4250952/150‑1 (MQ=255) cAAAGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGACGGCCTGAACCAGGCCATCGa < 2:3730239/150‑1 (MQ=255) aaaGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGAc > 1:2036686/1‑150 (MQ=255) aaaGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGACGGCCTGAACCAGGCCATCGag < 1:1525489/150‑2 (MQ=255) aaGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGAcc > 1:3545918/1‑150 (MQ=255) 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tCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAg > 2:200758/1‑150 (MQ=255) gATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAgcg > 2:3463974/1‑150 (MQ=255) gCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGACTCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGcggcgg < 2:5097457/150‑1 (MQ=255) ccTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAAACGACAGGATCGCATCGATGAATTCCGTGAGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCACTTCTCCACGAAGCGGCggg > 1:2668748/1‑150 (MQ=255) cTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGgc > 1:2776650/1‑84 (MQ=255) cTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCGGGc > 2:183278/1‑150 (MQ=255) cTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCGGGc > 2:6644566/1‑150 (MQ=255) tGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCGGGcc > 2:6785018/1‑150 (MQ=255) tCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCGGGCCAttt < 2:3175924/150‑1 (MQ=255) ggCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCGGGCCATTTCTg > 1:149549/1‑150 (MQ=255) ggCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCGGGCCATTTCTg > 1:6610427/1‑150 (MQ=255) ggCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCGGGCCATTTCTg > 1:3888457/1‑150 (MQ=255) cGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCGGGCCATTTCTGGCa < 2:2312514/150‑1 (MQ=255) cGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTACCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCGGGCCATTTCTGGCa < 1:1451477/150‑1 (MQ=255) | CGGCAAAGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCGGGCCATTTCTGGCAG > NC_002947/5478666‑5478963 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |