| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,511,474 | T→G | 7.5% | M435R (ATG→AGG) | PP_4839 → | iron‑regulated membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,511,474 | 0 | T | G | 7.5% | 503.4 / 2.8 | 216 | M435R (ATG→AGG) | PP_4839 | iron‑regulated membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (62/121); new base G (3/20); total (65/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.55e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
TTCGGTGAGCGGGCTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCC > NC_002947/5511325‑5511617 | tCGGTGAGCGGGCTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGAtg < 2:598749/150‑1 (MQ=255) ggTGAGCGGGCTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGAtggt > 1:5651753/1‑150 (MQ=255) gTGAGCGGGCTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGAtggtg < 1:5478433/150‑1 (MQ=255) gTGAGCGGGCTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGAtggtg > 1:6346930/1‑150 (MQ=255) gTGAGCGGGCTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTGGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGAtggtg < 2:714754/150‑1 (MQ=255) gTGAGCGGGCTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCATGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGAtggtg < 2:3850279/150‑1 (MQ=255) tGAGCGGGCTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCGTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGAAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGAtggtgg < 2:4442816/150‑1 (MQ=255) tGAGCGGGCTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGAtggtgg < 1:4453335/150‑1 (MQ=255) gAGCGGGCTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATggtggt < 2:3946851/150‑1 (MQ=255) aGCGGGCTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGgtggtg < 1:684301/150‑1 (MQ=255) aGCGGGCTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGgtggtg < 1:6091811/150‑1 (MQ=255) aGCGGGCTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGgtggtg < 1:1717205/150‑1 (MQ=255) cGGGCTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGAt < 2:5618984/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGAtgt < 1:5844981/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGAtgt < 1:1904905/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGAtgtg > 1:722689/1‑150 (MQ=255) cTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTgg < 2:906872/150‑1 (MQ=255) tGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTggg > 1:3592293/1‑150 (MQ=255) 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ttCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGAGGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGAGGGACcgcggggt > 2:1020598/1‑146 (MQ=255) gccccGCGGGCGGGGCGGCCGAGGGCGGCGATGGGGCGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGt < 1:895735/148‑1 (MQ=37) tCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTa < 2:4530942/150‑1 (MQ=255) gcccGCGGGGGGGGGCGGCGCGGGTGGTGCGGTGGGGGGGGGATAGTTTGGGGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGGTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTa < 2:861362/149‑1 (MQ=37) gcccGCCGGGGGGGGGGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTa < 2:5906242/149‑1 (MQ=255) cccGCGGGGGGGGGGGTCGACGGTGGCGATGGGGGGGGGGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAg < 2:3708559/150‑1 (MQ=38) ccgccgGCGGGGGTGTCGATGGCGCCGATGCGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACACGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAgg < 2:1604527/150‑1 (MQ=38) tgggggGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCg < 2:6748689/150‑1 (MQ=255) tggcggGGGTGTCGATGGTGGTGCTGCGGGGGGGGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCg < 2:4527557/150‑1 (MQ=255) gggggggggTGGCGAGGGGGGAGAGGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCg < 2:132243/146‑1 (MQ=38) 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TTCGGTGAGCGGGCTGGTGATGTGGTGGAAGCGCCGTCCTGAAGGCGGCCTGGGCGTACCGCCTTTGCGTCATGACCTGCCACGCTGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCC > NC_002947/5511325‑5511617 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |