Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,523,732 | T→A | 6.2% | K59I (AAA→ATA) ‡ | PP_4851 ← | phosphate starvation‑inducible protein PsiF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,523,732 | 0 | T | A | 6.2% | 1186.2 / 45.6 | 355 | K59I (AAA→ATA) ‡ | PP_4851 | phosphate starvation‑inducible protein PsiF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (189/143); new base A (15/7); total (205/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.82e-01 |
Only 100 of 369 total aligned reads displayed.
AGGTCATTTCTTCTTCAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGG > NC_002947/5523584‑5523881 | aGGTCATTTCTTCTTCAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCttt < 2:730586/150‑1 (MQ=255) aGGTCATTTCTTCTTCAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCttt < 2:3324539/150‑1 (MQ=255) aGGTCATTTCTTCTTCAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTCTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCttt < 1:636416/150‑1 (MQ=255) tttCTTCTTCAGGCAATCGCTCATGCAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCCGGTCTTCAGTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTc < 1:3379646/150‑1 (MQ=255) tttCTTCTTCAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTc < 2:3427752/150‑1 (MQ=255) tttCTTCTTCAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTc < 2:582084/150‑1 (MQ=255) tttCTTCTTCAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTc > 1:3813860/1‑150 (MQ=255) ttcttcAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCAAAGCGTTCAtga < 1:4828125/150‑3 (MQ=255) ttcAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCAAAGCGTTCAtg > 1:3630980/1‑145 (MQ=255) ttcAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCAAAGCGTTCAtg < 2:3630980/146‑2 (MQ=255) ttcAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTGTGGGGCACATCCTGTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGccc > 2:4121784/1‑150 (MQ=255) cAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCtt > 2:3914870/1‑150 (MQ=255) aGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTg > 2:6036821/1‑150 (MQ=255) aGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTg > 1:395207/1‑150 (MQ=255) ggCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCCTCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGa < 1:2489325/150‑1 (MQ=255) gCAATCGCTCATGAGGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAg < 2:6781983/150‑1 (MQ=255) gCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAg > 2:2740116/1‑150 (MQ=255) gCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAg > 1:2857232/1‑150 (MQ=255) 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ccTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGt > 2:1643345/1‑150 (MQ=255) cTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTc > 2:4731892/1‑150 (MQ=255) gcgcTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGc < 2:6481422/150‑1 (MQ=255) gcTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGt > 2:4333620/1‑150 (MQ=255) aTCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCa > 1:1894021/1‑150 (MQ=255) 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gtggtggCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCctgc < 2:2072655/150‑1 (MQ=255) gtggCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCtgctgc > 1:5474066/1‑150 (MQ=255) ggCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTgcgc > 1:2941246/1‑150 (MQ=255) gTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGt > 1:4608265/1‑150 (MQ=255) gCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTg < 1:680298/150‑1 (MQ=255) aTTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCC‑TTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCAAAGCGTTCAt > 1:106202/1‑79 (MQ=255) 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AGGTCATTTCTTCTTCAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGG > NC_002947/5523584‑5523881 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |