| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,523,733 | T→A | 6.4% | K59* (AAA→TAA) ‡ | PP_4851 ← | phosphate starvation‑inducible protein PsiF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,523,733 | 0 | T | A | 6.4% | 1202.2 / 44.3 | 355 | K59* (AAA→TAA) ‡ | PP_4851 | phosphate starvation‑inducible protein PsiF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (189/143); new base A (16/7); total (205/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 370 total aligned reads displayed.
AGGTCATTTCTTCTTCAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGT > NC_002947/5523584‑5523882 | aGGTCATTTCTTCTTCAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCttt < 2:730586/150‑1 (MQ=255)aGGTCATTTCTTCTTCAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCttt > 1:5488775/1‑150 (MQ=255) tttCTTCTTCAGGCAATCGCTCATGCAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCCGGTCTTCAGTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTc < 1:3379646/150‑1 (MQ=255) 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AGGTCATTTCTTCTTCAGGCAATCGCTCATGAAGGCCTTGCGCTCATCCCCCTTCAGGGCTTTGGTGGTGGCGTCAGCATTGCAGGTCTTCATTTTTTCTTGCTGGGTTTGGGGCACATCCTTTTTCAGGCAGGTGCTCATGAACGCTTTGCGTTCATCGCCCTTGAGGGCCTTGGCGGTGGCGTCGGCGTTGCAGGTTTTCATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGT > NC_002947/5523584‑5523882 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |