Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,570,749 | 0 | G | A | 7.7% | 1035.4 / 48.6 | 338 | H579H (CAC→CAT) | mutL | DNA mismatch repair protein MutL |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (148/164); new base A (11/15); total (159/179) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 341 total aligned reads displayed.
AGGAAAAGTTTGTCCAGATCGTCCAGCCCCATCTGGGTCCAGGTAGGACGACCATGGTTGCACTGGCCGCTGCGCTCGGTGTTTTCCATGTCGCGCAGCAGGGCGTTCATCTCGGGAATTGCCAGACGCCGGTTGGCGCGCACGGCACCGTGGCAAGCCATGGTGCCGAGCAGCTCATTGAGGTGCGCCTGAATGCGATCACTGGTGCCGTACTCCATAAGGTCGGCAAGCACGTCCTGCACCAGGCGGTTGGCTTCAGCCTGCTTGAGCAAGGCCGGGATCTGGCGAATCGCCAGGG > NC_002947/5570600‑5570897 | aGGAAAAGTTTGTCCAGATCGTCCAGCCCCATCTGGGTCCAGGTAGGACGACCATGGTTGCACTGGCCGCTGCGCTCGGTGTTTTCCATGTCGCGCAGCAGGGCGTTCATCTCGGGAATTGCCAGACGCCGGTTGGCGCGCACGGCACCg > 1:2198914/1‑150 (MQ=255) ggAAAAGTTTGTCCAGATCGTCCAGCCCCATCTGGGTCCAGGTAGGACGACCATGGTTGCACTGGCCGCTGCGCTCGGTGTTTTCCATGTCGCGCAGCAGGGCGTTCATCTCGGGAATTGCCAGACGCCGGTTGGCGCGCACGGCACCGt < 2:2945244/150‑1 (MQ=255) ggAAAAGTTTGTCCAGATCGTCCAGCCCCATCTGGGTCCAGGTAGGACGACCATGGTTGCACTGGCCGCTGCGCTCGGTGTTTTCCATGTCGCGCAGCAGGGCGTTCATCTCGGGAATTGCCAGACGCCGGTTGGCGCGCACGGCACCGt > 1:5662622/1‑150 (MQ=255) 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aaTTGCCAGACGCCGGTTGGCGCGCACGGCACCGTGGCAAGCCATGGTGCCGAGCAGCTCATTGAGGTGCGCCTGAATGCGATCACTGGTGCCGTACTCCATAAGGTCGGCAAGCACGTCCTGCACCAGGCGGTTGGCTTCAGCCTGCtt < 2:4324096/150‑1 (MQ=255) aaTTGCCAGACGCCGGTTGGCGCGCACGGCACCGTGGCAAGCCATGGTGCCGAGCAGCTCATTGAGGTGCGCCTGAATGCGATCACTGGTGCCGTACTCCATAAGGTCGGCAAGCACGTCCTGCACCAGGCGGTTGGCTTCAGCCTGCtt < 1:882445/150‑1 (MQ=255) ttGCCAGACGCCGGTTGGCGCGCACGGCACCGTGGCAAGCCATGGTGCCGAGCAGCTCATTGAGGTGCGCCTGAATGCGATCACTGGTGCCGTACTCCATAAGGTCGGCAAGCACGTCCTGCACCAGGCGGTTGGCTTCAGCCTGCTTGa < 2:6855055/150‑1 (MQ=255) aCGCCGGTTGGCGCGCACGGCACCGTGGCAAGCCATGGTGCCGAGCAGCTCATTGAGGTGCGCCTGAATGCGATCACTGGTGCCGTACTCCATAAGGTCGGCAAGCACGTCCTGCACCAGGCGGTTGGCTTCAGCCTGCTTGAGCAAGGc < 1:3684713/150‑1 (MQ=255) gCCGGTTGGCGCGCACGGCACCGTGGCAAGCCATGGTGCCGAGCAGCTCATTGAGGTGCGCCTGAATGCGATCACTGGTGCCGTACTCCATAAGGTCGGCAAGCACGTCCTGCACCAGGCGGTTGGCTTCAGCCTGCTTGAGCAAGGCCg < 2:2889415/150‑1 (MQ=255) ccGGTTGGCGCGCACGGCACCGTGGCAAGCCATGGTGCCGAGCAGCTCATTGAGGTGCGCCTGAATGCGATCACTGGTGCCGTACTCCATAAGGTCGGCAAGCACGTCCTGCACCAGGCGGTTGGCTTCAGCCTGCTTGAGCAAGGCCgg < 1:5727634/150‑1 (MQ=255) ccGGTTGGCGCGCACGGCACCGTGGCAAGCCATGGTGCCGAGCAGCTCATTGAGGTGCGCCTGAATGCGATCACTGGTGCCGTACTCCATAAGGTCGGCAAGCACGTCCTGCACCAGGCGGTTGGCTTCAGCCTGCTTGAGCAAGGCCgg < 1:6281554/150‑1 (MQ=255) cGGTTGGCGCGCACGGCACCGTGGCAAGCCATGGTGCCGAGCAGCTCATTGAGGTGCGCCTGAATGCGATCACTGGTGCCGTACTCCATAAGGTCGGCAAGCACGTCCTGCACCAGGCGGTTGGCTTCAGCCTGCTTGAGCAAGGCCggg < 2:4024944/150‑1 (MQ=255) ggCGCGCACGGCACCGTGGCAAGCCATGGTGCCGAGCAGCTCATTGAGGTGCGCCTGAATGCGATCACTGGTGCCGTACTCCATAAGGTCGGCAAGCACGTCCTGCACCAGGCGGTTGGCTTCAGCCTGCTTGAGCAAGGCCGGGATCTg < 2:2931204/150‑1 (MQ=255) tgctcGGCACCATGGCTTGCCACGGTGCCGTGCAGCTCATTGAGGTGCGCCTGAATGCGATCACTGGTGCCGTACTCCATAAGGTCGGCAAGCACGTCCTGCACCAGGCGGTTGGCTTCAGCCTGCTTGAGCAAGGCCGGGATCTGGCGa > 1:5265007/5‑150 (MQ=255) 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cACCATGGCTTGCCACGGTGCCGAGCAGCTCATTGAGGTGCGCCTGAATGCGATCACTGGTGCCGTACTCCATAAGGTCGGCAAGCACGTCCTGCACCAGGCGGTTGGCTTCAGCCTGCTTGAGCAAGGCCGGGATCTGGCGAATCGCCa > 2:2365881/1‑150 (MQ=255) | AGGAAAAGTTTGTCCAGATCGTCCAGCCCCATCTGGGTCCAGGTAGGACGACCATGGTTGCACTGGCCGCTGCGCTCGGTGTTTTCCATGTCGCGCAGCAGGGCGTTCATCTCGGGAATTGCCAGACGCCGGTTGGCGCGCACGGCACCGTGGCAAGCCATGGTGCCGAGCAGCTCATTGAGGTGCGCCTGAATGCGATCACTGGTGCCGTACTCCATAAGGTCGGCAAGCACGTCCTGCACCAGGCGGTTGGCTTCAGCCTGCTTGAGCAAGGCCGGGATCTGGCGAATCGCCAGGG > NC_002947/5570600‑5570897 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |