| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,575,178 | G→C | 5.3% | A24G (GCA→GGA) ‡ | nnrD ← | ADP‑dependent (S)‑NAD(P)H‑hydrate dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,575,178 | 0 | G | C | 5.3% | 833.6 / 26.0 | 246 | A24G (GCA→GGA) ‡ | nnrD | ADP‑dependent (S)‑NAD(P)H‑hydrate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (107/126); new base C (7/6); total (114/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
CGTGCTCGGGCCGGGTTGCCACGCTGACCAGCCCGGCGCCGCAACGCAGGGCGGCTTCGGCACTGAGCAACACAGCGCCTCCGGTACCCAGGTCGCCCCCGACCACCAGTACATGGCCAAAGTCGCCTTTGTGGGCATGCGCCTGCCGTGCCGGCAGGCGGGCAACCGTCACGCTGCTGAGCAATTGTGGGGCATTACTGGGGTGTTTGGTCTGCGGCATGGGGTCAAAGGCTCCAATGTCTGGCAGAATTATACGCACCTGAGCCCGTATTGCCTTGCCCATCCATGTCCGCCTCTAC > NC_002947/5575029‑5575327 | tGCTCGGGCCGGGTTGCCACGCTGACCAGCCCGGCGCCGCAACGCAGGGCGGCTTCGGCACTGAGCAACACAGCGCCTCCGGTACCCAGGTCGCCCCCGACCACCAGTACATGGCCAAAGTCGCCTTTGTGGGCATGCGCCtgccgtgcc < 2:1158191/150‑1 (MQ=255) gCTCGGGCCGGGTTGCCACGCTGACCAGCCCGGCGCCGCAACGCAGGGCGGCTTCGGCACTGAGCAACACAGCGCCTCCGGTACCCAGGTCGCCCCCGACCACCAGTACATGGCCAAAGTCGCCTTTGTGGGCATGCGCCtgccgtgccg < 2:54824/150‑1 (MQ=255) gCTCGGGCCGGGTTGCCACGCTGACCAGCCCGGCGCCGCAACGCAGGGCGGCTTCGGCACTGAGCAACACAGCGCCTCCGGTACCCAGGTCGCCCCCGACCACCAGTACATGGCCAAAGTCGCCTTTGTGGGCATGCGCCtgccgtgccg > 1:205167/1‑150 (MQ=255) 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gccgGCAGGCGGGCAACCGTCACGCTGCTGAGCAATTGTGGGGCATTACTGGGGTGTTTGGTCTGCGGCATGGGGTCAAAGGCTCCAATGTCTGGCAGAATTATACGCACCTGAGCCCGTATTGCCTTGCCCATCCATGTCCGCCTCTac < 2:4922111/150‑1 (MQ=255) | CGTGCTCGGGCCGGGTTGCCACGCTGACCAGCCCGGCGCCGCAACGCAGGGCGGCTTCGGCACTGAGCAACACAGCGCCTCCGGTACCCAGGTCGCCCCCGACCACCAGTACATGGCCAAAGTCGCCTTTGTGGGCATGCGCCTGCCGTGCCGGCAGGCGGGCAACCGTCACGCTGCTGAGCAATTGTGGGGCATTACTGGGGTGTTTGGTCTGCGGCATGGGGTCAAAGGCTCCAATGTCTGGCAGAATTATACGCACCTGAGCCCGTATTGCCTTGCCCATCCATGTCCGCCTCTAC > NC_002947/5575029‑5575327 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |