| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,657,960 | T→G | 6.8% | intergenic (‑61/+100) | PP_4961 ← / ← PP_4962 | lipoprotein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,657,960 | 0 | T | G | 6.8% | 806.6 / 32.9 | 267 | intergenic (‑61/+100) | PP_4961/PP_4962 | lipoprotein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (133/112); new base G (9/10); total (142/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
CAGTTGTCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTACTTTTCCA > NC_002947/5657811‑5658109 | cAGTTGTCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGt < 1:4293222/150‑1 (MQ=255)cAGTTGTCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGt > 2:2983895/1‑150 (MQ=255) aGTTGTCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTa < 1:1200667/150‑1 (MQ=255) ttGTCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACa > 2:2911883/1‑150 (MQ=255) tCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTg < 1:1079748/150‑1 (MQ=255) tCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTg > 1:5903693/1‑150 (MQ=255) tGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCa > 2:1326317/1‑150 (MQ=255) tGCCGGGGCCGGGTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCa < 1:2613195/150‑1 (MQ=255) gCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAg < 1:5772676/150‑1 (MQ=255) cGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCtgtg < 1:6483438/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTgg < 1:4558386/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTgg < 2:4197796/150‑1 (MQ=255) ttGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGa < 2:2597245/150‑1 (MQ=255) ttGCGACGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGa < 1:1993879/150‑1 (MQ=255) gcgcCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGAGACTGCACTGTACCTGTGGGAGc < 1:5194751/150‑1 (MQ=25) gcCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGAGACTGCACTGTACCTGTGGGAGCgg < 1:2544347/150‑1 (MQ=25) ccGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCggg < 2:1189337/150‑1 (MQ=255) cGGCTGCATCAGTGCGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGACACGGCCACAAGCGCGTTCATTCAGTTTCCTCGCTCTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGAGACTGCCCTGTACCTGTGGGAGCGGGc < 1:259028/150‑1 (MQ=18) cGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGc < 1:728623/150‑1 (MQ=255) gCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGa < 1:5450100/150‑1 (MQ=255) tGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCCAAAGCGCTTTCAGTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACCGTGCAGTCTCGGTGGGAGCGGGCGAGc > 2:4990814/1‑150 (MQ=255) tGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGc > 2:5631342/1‑150 (MQ=255) tGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCGGTGGGAGCGGGCGAGc > 1:6385700/1‑150 (MQ=255) cagcagTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGccc > 2:4625471/1‑150 (MQ=255) cccgTGCGCACCCGGCCCGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAACGCGCGTTCTTTCAGTTTCCGCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTGCGCGGGCTCGCCCGCCCCCACCGGTACCGTCCCGCCTCGGTGGGAGCGGGCGAGCCcgc < 2:3592599/147‑1 (MQ=255) cATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCCTTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGTTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACCGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGcc < 2:2702073/150‑1 (MQ=255) aTCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCg > 2:2300178/1‑150 (MQ=255) aTCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCg > 1:6615149/1‑150 (MQ=255) tCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGc > 1:1817511/1‑150 (MQ=255) gCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGcaccg > 2:5386319/1‑148 (MQ=255) gCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAg > 1:2077111/1‑150 (MQ=255) gtgtCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGc > 2:1513685/1‑150 (MQ=255) gcGCCTGGGCCGTCACGGCCAACCGCGCTGTCCTTCCGTGGCCGCGCTGGGGGGCGGGTGGGCCGCCCTGCGGGGGCGCGCCCGCGCCCCCCGGTCCCGGGCCGGCTGGGGGGGCGGGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGcccc < 2:848770/149‑1 (MQ=255) 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ttcaGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCGGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGc > 2:417844/1‑150 (MQ=255) tcaGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACCGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGcc > 1:2971294/1‑150 (MQ=255) cTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTAccc > 2:1688976/1‑150 (MQ=255) cTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTAccc > 2:1950329/1‑150 (MQ=255) cTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGGGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACCGCCGCCCCGTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCGATTAccc > 1:5998105/1‑150 (MQ=38) 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tACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTACTTTTCCa > 1:1290603/1‑150 (MQ=255) | CAGTTGTCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTACTTTTCCA > NC_002947/5657811‑5658109 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |