| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,657,971 | C→A | 6.8% | intergenic (‑72/+89) | PP_4961 ← / ← PP_4962 | lipoprotein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,657,971 | 0 | C | A | 6.8% | 783.1 / 31.9 | 265 | intergenic (‑72/+89) | PP_4961/PP_4962 | lipoprotein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (140/104); new base A (10/10); total (150/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 | |||||||||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
GGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTACTTTTCCAGGCCTTCCGG > NC_002947/5657825‑5658119 | ggCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTctct < 1:3223253/150‑1 (MQ=255)ggCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTctct < 1:2924354/150‑1 (MQ=255) ccGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCtgt < 1:764577/150‑1 (MQ=255) cGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCtgtg < 1:6483438/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTgg < 2:5188119/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTgg < 1:4558386/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTgg < 2:4197796/150‑1 (MQ=255) ttGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGa < 2:2597245/150‑1 (MQ=255) ttGCGACGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGa < 1:1993879/150‑1 (MQ=255) gtGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCGGCCCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGa < 1:3540302/149‑1 (MQ=255) gcgcCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGAGACTGCACTGTACCTGTGGGAGc < 1:5194751/150‑1 (MQ=25) gcCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCgg < 1:1304940/150‑1 (MQ=255) ccGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCggg < 2:1189337/150‑1 (MQ=255) cGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGc < 1:728623/150‑1 (MQ=255) cGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGAGACTGCACTGTACCTGTGGGAGCGGGc < 1:259112/150‑1 (MQ=25) gCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGa < 1:5450100/150‑1 (MQ=255) gCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGGTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGa < 2:2340828/150‑1 (MQ=255) tGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCCGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGc < 2:4968405/150‑1 (MQ=255) tGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGc > 2:5631342/1‑150 (MQ=255) tGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCGGTGGGAGCGGGCGAGc > 1:6385700/1‑150 (MQ=255) cagcagTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGccc > 2:4625471/1‑150 (MQ=255) cagcagTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGccc > 2:3013076/1‑150 (MQ=255) gTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTACCTCGATTTGGGGCCGCTGTGCGGCCCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGAGACTGCACTGTACCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGAGaa < 1:560420/150‑1 (MQ=17) 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cccGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTtc < 2:5448255/150‑1 (MQ=255) gCTCCCA‑CAGTTACAGTGCATTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGTCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACACAACAACTTTCAGGTTGGCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGTCGCCGTGCGCTGGTGGTCTtcgtc < 1:1027170/150‑1 (MQ=255) tCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGTGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCATCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAAACCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTtcgtcga > 2:5538063/1‑149 (MQ=255) tCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTcgtcgt > 1:1703295/1‑150 (MQ=255) ccA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTAc > 2:4172739/1‑150 (MQ=255) ccA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTAc > 1:6657421/1‑150 (MQ=255) ccA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTAc > 1:1621977/1‑150 (MQ=255) ca‑caGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTACt > 1:3374673/1‑150 (MQ=255) a‑caGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTACtt > 1:1534204/1‑150 (MQ=255) a‑caGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTACtt > 1:4013645/1‑150 (MQ=255) 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GGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCA‑CAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTACTTTTCCAGGCCTTCCGG > NC_002947/5657825‑5658119 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |