| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 478,316 | 0 | A | T | 7.7% | 632.9 / 3.8 | 226 | intergenic (+61/+49) | PP_0393/cca | 2‑amino‑4‑hydroxy‑6‑ hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase/multifunctional tRNA nucleotidyltransferase/2',3'‑cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase/phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (114/87); new base T (5/15); total (121/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.79e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
TGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCAGATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCAGCCGTTCACCTTTGAGTGCTTCGCCCAGTGCCTGACCGGTCAGCCCGGCTTGCACCAACGGCTTCACA > NC_002947/478167‑478464 | tGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCAGATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGa < 1:5810952/150‑1 (MQ=255)tGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCAGATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGa < 2:3696103/150‑1 (MQ=255) ggCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCAGATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGAt < 1:4413201/150‑1 (MQ=255) 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CCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCAGCCGTTCACCTTTGAGTGCTTCGCCCAGTGCCTGAcc < 1:1204905‑M1/150‑1 (MQ=255) CTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCAGCCGTTCACCTTTGAGTGCTTCGCCCAGTGCCTGACCGGTCAg < 1:2563662‑M1/150‑1 (MQ=255) CTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCAGCCGTTCACCTTTGAGTGCTTCGCCCAGTGCCTGACCGGTCAg < 1:3103602‑M1/150‑1 (MQ=255) CTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCAGCCGTTCACCTTTGAGTGCTTCGCCCAGTGCCTGACCGGTCAg < 1:3524221‑M1/150‑1 (MQ=255) TACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCAGCCGTTCACCTTTGAGTGCTTCGCCCAGTGCCTGACCGGTCAGc < 1:2462821‑M1/150‑1 (MQ=255) 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gATGTGTGCCCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCAGCCGTTCACCTTTGAGTGCTTCGCCCAGTGCCTGACCGGTCAGCCCGGCTTGCACCAACGGCTTcaca > 1:2093282/1‑150 (MQ=255) | TGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCAGATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCAGCCGTTCACCTTTGAGTGCTTCGCCCAGTGCCTGACCGGTCAGCCCGGCTTGCACCAACGGCTTCACA > NC_002947/478167‑478464 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |