| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 478,339 | G→T | 12.5% | intergenic (+84/+26) | PP_0393 → / ← cca | 2‑amino‑4‑hydroxy‑6‑ hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase/multifunctional tRNA nucleotidyltransferase/2',3'‑cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase/phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 478,339 | 0 | G | T | 12.5% | 368.2 / 3.6 | 139 | intergenic (+84/+26) | PP_0393/cca | 2‑amino‑4‑hydroxy‑6‑ hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase/multifunctional tRNA nucleotidyltransferase/2',3'‑cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase/phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/55); new base T (4/19); total (64/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.55e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
CAGATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCAGCCGTTCACCTTTGAGTGCTTCGCCCAGTGCCTGACCGGTCAGCCCGGCTTGCACCAACGGCTTCACATCCACCGCTCGCG > NC_002947/478190‑478477 | gtcaggcactgggcgaagcactcaaaggtgaacggctgaaagcgctcgaggcttaccagcgcggttagacctacCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGCggg > 1:3018838‑M1/75‑150 (MQ=255) tGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGGAAA‑ACCCCCCCCACGACGGGCTGAGCCCCACCCCTGGTGTGTGGCCCCGGGAGGGGCGGGGTTAACCGCCCAGAgg > 1:4113082/1‑150 (MQ=255) ccccGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGACGGGGTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCgg > 2:1508994/1‑150 (MQ=255) 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> 1:1921818‑M1/30‑105 (MQ=255) tcgaggcttaccagcgcggttagacctacCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGCggg < 2:1921818‑M1/76‑1 (MQ=255) cttttGCCGCCCTCTTGTGCGTTTATGGGCCTCTGGGGGGTTAAC‑CCCGCTCCTCCGCGGGGCTGCGCCAACCCTGTTTTGTGGGCCCCCTGTCGGTGGGGGTTAACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGa < 2:2449324/147‑1 (MQ=255) ctgTTGCCCCCCGTTTGAGCCTTTATCGGCCTCTCCGGGGGTAAA‑CCCGCCCCTCCGCCGGGCTGCGCCCAACCTCTGTTGTGGGCCCCGTTTTGGCGGGGTTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGa < 2:781298/148‑1 (MQ=255) cAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGCGGGCAGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGCGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGa > 2:3502395/1‑150 (MQ=255) gccGCCCGCTTGCGCCTGTATCGGCCTCTTCGGGGGTAAC‑CCCGCTCCTACGCCGGGCTGCGCCACACCTCTGATGTGGGCCCCCGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGACGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCt < 2:6559838/148‑1 (MQ=255) gACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCGACGACGGGCGGAGCCCAACCGCTGATGGGTGCCCCCGGTAGGAGCGGGTTTACCCCCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCCCGCTGGTAAGCCGCGaccccg > 2:2203114/1‑145 (MQ=38) cccGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCa > 2:5705798/1‑150 (MQ=255) gCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCAGcc < 2:4465640/150‑1 (MQ=255) ttGCGCGTGTATCGGCCGCTCGGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGAGGGGCTGCGCCAAACCTCTGTGGTGTCCCCCCTTTTGGAGCGGTTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCAGCCGt < 2:3156318/150‑1 (MQ=255) ttGCGCCTTTCTCGGCCTCTTCG‑GGGTAAACCCCGCCCCTCCGACGGGCTGCGCCCACCGTCTGTTGTGGGCCCCCTGTCGGTGGGGTTTAACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCAGCCGt < 1:6245689/150‑1 (MQ=255) 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> 2:5927002/1‑150 (MQ=255) | CAGATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCAGCCGTTCACCTTTGAGTGCTTCGCCCAGTGCCTGACCGGTCAGCCCGGCTTGCACCAACGGCTTCACATCCACCGCTCGCG > NC_002947/478190‑478477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |