| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 488,171 | C→T | 5.1% | R45Q (CGG→CAG) | pdxA ← | 4‑hydroxythreonine‑4‑phosphate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 488,171 | 0 | C | T | 5.1% | 1005.3 / 25.4 | 311 | R45Q (CGG→CAG) | pdxA | 4‑hydroxythreonine‑4‑phosphate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (159/136); new base T (7/9); total (166/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
CTGCGTTGGCCTTGTCGAGCTGGCCTGGCACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGGGCGGCCTGGTCA > NC_002947/488022‑488319 | gTTGGCCTTGTCGAGCTGGCCTGGCACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTc > 2:5211153/1‑150 (MQ=255) ttGGCCTTGTCGAGCTGGCCTGGCACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCg > 1:1687933/1‑150 (MQ=255) ggCCTTGTCGAGCTGGCCTGGCACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGc < 2:5105361/150‑1 (MQ=255) cTTGTCGAGCTGGCCTGGCACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGTCGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGat < 2:55049/150‑2 (MQ=255) tGTCGAGCTGGCCTGGCACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCa < 1:2924406/150‑1 (MQ=255) tCGAGCTGGCCTGGCACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAgg < 2:783191/150‑1 (MQ=255) aGCTGGCCTGGCACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGACCTGCTCGCCGAGCGGGCCa < 2:2813228/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCTGGCACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCTGCTCGCCGAGCGGGCCAc < 1:2267344/150‑1 (MQ=255) 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tGACGGCCAGCCCCAGCTCCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCa > 2:5925362/1‑150 (MQ=255) aCGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGAGGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAgg < 2:887388/150‑1 (MQ=255) gCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCa < 1:4788345/150‑1 (MQ=255) cccAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACt < 2:5800748/150‑1 (MQ=255) cAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTgg < 2:3807860/150‑1 (MQ=255) cAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTgg > 2:6867175/1‑150 (MQ=255) aGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTggg < 1:5971713/150‑1 (MQ=255) gCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGggc < 2:4886143/150‑1 (MQ=255) gCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGggc < 2:1687933/150‑1 (MQ=255) cagccGTGACCTGCTCGCCGAGCGGGCCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGggc > 1:27713/5‑150 (MQ=255) agccGTGACCTGCTCGCCGAGCGGGCCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGggcg > 1:1731303/4‑150 (MQ=255) gTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGGGCGGCCt < 2:1401230/150‑1 (MQ=255) gTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGGGCGGCCt > 1:4473868/1‑150 (MQ=255) tGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGGGCGGCCTg > 2:370370/1‑150 (MQ=255) ccGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGGGCGGCCTGGTCa > 2:6561475/1‑150 (MQ=255) | CTGCGTTGGCCTTGTCGAGCTGGCCTGGCACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGGGCGGCCTGGTCA > NC_002947/488022‑488319 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |