Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,745,462 | G→A | 17.2% | intergenic (+22/+49) | hutF → / ← PP_5037 | formiminoglutamate deiminase/lipocalin family lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,745,462 | 0 | G | A | 17.2% | 263.8 / 44.4 | 123 | intergenic (+22/+49) | hutF/PP_5037 | formiminoglutamate deiminase/lipocalin family lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/88); new base A (3/17); total (16/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.83e-02 |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CGGTGGCGATCGCCAGGTGCGCGATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCC > NC_002947/5745314‑5745611 | cGGTGGCGATCGCCAGGTGCGCGATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTT‑GGG‑GTGGAGc > 1:5719493/1‑150 (MQ=255) gTGGCGATCGCCAGGTGCGCGATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGccc < 1:3155466/150‑1 (MQ=255) tGGCGATCGCCAGGTGCGCGATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCt < 2:2721050/150‑1 (MQ=255) 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ttggCCAAGTTGTTTCGCCCGTTTTTGGGCTTAGCGTACCGGTGTT‑GCT‑TTGCAGCCATGCG‑CGTGAAA‑CCCCGCGATGTTTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGc < 2:4041669/147‑1 (MQ=255) ccACGGTGTTGCGCCCGCTTTGGGGCTGCGCGCCCGGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTGCG‑CGGGCAC‑GCCCGCGACGGGTGGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCt < 2:3067956/150‑1 (MQ=255) catggTGTGGCGCCAGCTTTGGGGCTGAGCGTACGGGGGTT‑GCG‑TGGCAGCCCTTCG‑GTTGCAA‑GCCCGCGACGGGTGGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTg < 2:5813369/147‑1 (MQ=255) tggTGTGGCGCCAGCTTTTGGGCTGCGCGTACGGGGGTT‑GCT‑TGGCAGCCCTTCG‑CTTGCAC‑GCCCGCTAGGGTTCGCAC‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGgt < 1:518598/149‑1 (MQ=255) gcgcacgCTTTTGGGCTGAGCGTCCGGGGGTT‑GCG‑TGGCCGCCCTGCG‑CGTGCAA‑GCCCGCTACGGGTTGCAC‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATAc < 1:6733353/144‑1 (MQ=255) cgcCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATAcc < 2:2187860/150‑1 (MQ=255) cctgCTTTTGGGGTGAGCGTACGGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTGCG‑CGTGCAA‑GCCCGCTATGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATAcccc < 2:3055532/147‑1 (MQ=255) cAGCTTTTGGGCTGAGCGTCCCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAC‑CCCCGCGACGGGTTGAAC‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCct < 2:3142643/150‑1 (MQ=255) ggggTGCGCGTCCGGGGTTT‑GGG‑TTGCAGCCGTTCG‑GGTCCAA‑GCCCGCGAGGGTTCCCAC‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCcgc < 1:5342635/150‑1 (MQ=255) gggCTGAGCGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAC‑GCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCcgc < 2:4312844/150‑1 (MQ=255) gggCTGAGCGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAC‑GCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCcgc < 2:1313744/150‑1 (MQ=255) cTGAGCTTACGGGGTTT‑GCG‑TGCCCCCCCTCCG‑CGTCCAC‑CCCCGCAACGGGTACAAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGcc < 1:3702124/150‑1 (MQ=255) aGCGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTGG‑CGTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTGAAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTg < 2:3088112/150‑1 (MQ=255) tggttccGGGGTT‑GGGTTTGCAGCCTTTCG‑‑GTTCAACGCCCG‑GTTTGGTTTCAACCGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTg < 1:1877688/145‑1 (MQ=255) ggTACGGGGTTG‑GGG‑TTGCAGCCCTTGG‑GTTGAAA‑GCCCGGTATGGGTTCAAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGa < 1:5462751/149‑1 (MQ=255) cGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTGCAC‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGCTCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGa < 2:3304167/150‑1 (MQ=255) gacgggggTT‑GGG‑TTGCAGCCCTTCG‑GGTGCAA‑GCCCGCGATGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGAca < 1:5663726/146‑1 (MQ=255) ccGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CTTGCAA‑GCCCGCTACGGGTTCAAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGAcagc < 2:1941188/150‑1 (MQ=255) ccGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGAcagc < 2:5338887/150‑1 (MQ=255) gggggTT‑GGG‑TTGCCCCCGTTGG‑GGTCCAC‑CCCCGCGATGGTTTCCAC‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGAcagca < 1:6514349/149‑1 (MQ=255) ggggtg‑ggg‑tTGCCGCCCTTCG‑CGTGCAC‑GCCCGCGACGGGTTGCAC‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGAcagcag < 1:3241433/150‑1 (MQ=255) gggTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAgg < 2:5697718/150‑1 (MQ=255) tt‑gcg‑ttgcAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTtc > 2:560303/1‑150 (MQ=255) cg‑ttgcAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCa < 2:3402470/150‑1 (MQ=255) g‑ttgcAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCGGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCAc > 2:1422568/1‑150 (MQ=255) gttcccgCCCTCGG‑CGTGCAC‑GCCCGCTTTGGGTCCCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCAc < 1:6016330/144‑1 (MQ=255) | CGGTGGCGATCGCCAGGTGCGCGATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCC > NC_002947/5745314‑5745611 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |