Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,745,479 | C→A | 27.7% | intergenic (+39/+32) | hutF → / ← PP_5037 | formiminoglutamate deiminase/lipocalin family lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,745,479 | 0 | C | A | 27.7% | 234.4 / 109.8 | 144 | intergenic (+39/+32) | hutF/PP_5037 | formiminoglutamate deiminase/lipocalin family lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/83); new base A (19/21); total (40/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 |
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
TGCGCGATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGGT > NC_002947/5745331‑5745628 | tGCGCGATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCG‑TTTCGGCCCATCG‑CGTGCAA‑Gccc > 2:2249613/1‑150 (MQ=255) tGCGCGATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑Gccc < 1:876956/150‑1 (MQ=255) tGCGCGATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑Gccc < 1:4309074/150‑1 (MQ=255) gcgATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGGGCTT‑GCAcgcg < 2:6559000/150‑1 (MQ=255) gATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑GCCCGCGaa < 2:3353620/150‑1 (MQ=255) gATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑GCCCGCGaa < 1:3463395/150‑1 (MQ=255) gATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGGGCTT‑GCACGCGaa < 2:1897404/150‑1 (MQ=255) gATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCG‑TTGCAACCCTTCG‑CGGGCTT‑GCACGCGaa < 1:3169616/150‑1 (MQ=39) gATGTGATGGTGAAGGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCA‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑GCCCGCGaa < 2:2642100/150‑1 (MQ=255) ctgtgATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCG‑TTGCAACCCTTCG‑CGGGCTT‑GCACGCGAAg < 2:1186967/149‑1 (MQ=39) ctgtgAGGGTGAAGGGGCACTGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCAGGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGGTGCG‑TTGCAACCCTTCG‑CGGGCTT‑GCACGCGAAg < 2:6759854/149‑1 (MQ=38) aTGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGTAA‑GCCCGCGAAg < 1:6308254/150‑1 (MQ=255) aTGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑GCCCGCGAAg < 2:5886638/150‑1 (MQ=255) 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tGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCG‑TTGCAACCCTTCG‑CGGGCTT‑GCACGCGAAGGGCTgcaa‑c < 1:164880/150‑1 (MQ=38) aaTGGGCAATGGGGGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTGTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTgcaa‑cgc < 2:6223204/150‑1 (MQ=255) ggtggtGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACTGGGGTTGCG‑TTGCAACCCTTCG‑CGGGCTT‑GCACGCGAAg > 2:535391/1‑128 (MQ=38) tgCGCCAGGGGCGGCTTGCCCAGGAAGTTGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTGGGGCTGAGCGTACGGGGGTTGCG‑TTCCAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCa < 2:6647616/150‑1 (MQ=255) cgcCTGGGGCGGATTGCCCTGGAAGATGAACGCGGGCGGGGGTTGGCCACGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACGGGGGTTGCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑GCCCGGGAAGGTTTGAAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGt < 2:456389/150‑1 (MQ=255) 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cgTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGc > 1:2977007/1‑150 (MQ=255) gTGCAC‑GCCCGCGACGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCa < 1:3357244/150‑1 (MQ=255) gTGCAA‑GCCCGCTAAGGGTTGCAC‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCa < 2:4697922/150‑1 (MQ=255) gCAA‑GCCCGCGACGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAgt < 2:5772046/150‑1 (MQ=255) gCAA‑GCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAgt > 1:212336/1‑150 (MQ=255) 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ccGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGgt > 2:5785574/1‑150 (MQ=255) ccGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGgt > 1:5336472/1‑150 (MQ=255) | TGCGCGATGTGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCG‑TTGCAGCCCTTCG‑CGTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGGT > NC_002947/5745331‑5745628 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |