| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 488,177 | G→C | 5.3% | A43G (GCC→GGC) | pdxA ← | 4‑hydroxythreonine‑4‑phosphate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 488,177 | 0 | G | C | 5.3% | 1082.7 / 36.1 | 318 | A43G (GCC→GGC) | pdxA | 4‑hydroxythreonine‑4‑phosphate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (162/139); new base C (8/9); total (170/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
GGCCTTGTCGAGCTGGCCTGGCACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGGGCGGCCTGGTCAGCGCCAG > NC_002947/488029‑488326 | ccTTGTCGAGCTGGCCTGGCACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGa < 2:4340552/150‑1 (MQ=255) ccTTGTCGAGCTGGCCTGGCACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGa > 2:732479/1‑150 (MQ=255) ccTTGTCGAGCTGGCCTGGCACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGa < 1:338925/150‑1 (MQ=255) gTCGAGCTGGCCTGGCACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAg < 1:3551076/150‑1 (MQ=255) aGCTGGCCTGGCACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGACCTGCTCGCCGAGCGGGCCa < 2:2813228/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCTGGCACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCTGCTCGCCGAGCGGGCCAc < 1:2267344/150‑1 (MQ=255) ctggcctggcACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGACCTGCTCGCCGAGCGGGCCACg < 2:4703609/150‑1 (MQ=255) ggcctggcACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGc < 1:3089254/150‑1 (MQ=255) ggcctggcACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGACCTGCTCGCCGAGCGGGCCACgca < 1:1294037/150‑3 (MQ=255) gcctggcACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCt < 1:2663374/150‑1 (MQ=255) ggcACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTg < 1:1430857/150‑1 (MQ=255) ggcACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTg < 1:6291021/150‑1 (MQ=255) accaccGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATg > 2:3712931/1‑150 (MQ=255) ccaccGGGGCCGCCCAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATgg > 2:5335856/1‑150 (MQ=255) ccaccGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATgg < 2:1972750/150‑1 (MQ=255) ccaccGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATgg < 1:1187166/150‑1 (MQ=255) accGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCg < 2:1694980/150‑1 (MQ=255) accGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCg > 2:6338072/1‑150 (MQ=255) cGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCCTTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGAt > 2:3828476/1‑150 (MQ=255) gggCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCa > 1:4695120/1‑150 (MQ=255) gggCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCa > 2:621268/1‑150 (MQ=255) gccgccAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAgg < 2:900560/150‑1 (MQ=255) ccAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGt < 1:199877/150‑1 (MQ=255) aaGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTgg < 2:3277938/150‑1 (MQ=255) aGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTggg < 2:5627447/150‑1 (MQ=255) ggggTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGc > 2:5779706/1‑150 (MQ=255) ggggTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGc > 2:1843571/1‑150 (MQ=255) ggTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTg > 2:2623806/1‑150 (MQ=255) gTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTgg < 2:1464326/150‑1 (MQ=255) gTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTgg < 1:1126341/150‑1 (MQ=255) tATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTggg > 1:4015611/1‑150 (MQ=255) aTCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCGGGTGATGGCGATCAGGGGGGGGGGCTGGGc > 2:2999623/1‑150 (MQ=255) tCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCg > 2:5560852/1‑150 (MQ=255) 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agcagGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCg > 1:1627446/1‑150 (MQ=255) gCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAgcg > 1:3753806/1‑150 (MQ=255) gCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCGGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTCTGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAgcg > 2:356872/1‑150 (MQ=255) tGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCa > 1:2202771/1‑150 (MQ=255) tGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCa > 2:6429385/1‑150 (MQ=255) tGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGGGACGGCGAAgcgcc > 1:6448634/1‑149 (MQ=255) aCGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAgg > 1:5597169/1‑150 (MQ=255) cGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAggg < 1:3514480/150‑1 (MQ=255) aGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGATGGGCGTCTGCTGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGTGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTc < 1:3939845/150‑1 (MQ=255) ccAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTg > 1:5873758/1‑150 (MQ=255) gCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGggc < 2:4886143/150‑1 (MQ=255) gCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGggc < 1:6338072/150‑1 (MQ=255) gCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGggcggc > 1:6751097/1‑150 (MQ=255) gTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGGGCGGCCt < 2:1401230/150‑1 (MQ=255) ccGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGGGCGGCCTGGTCa > 1:6595470/1‑150 (MQ=255) ccGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGGGCGGCCTGGTCa > 1:6222789/1‑150 (MQ=255) ccGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGGGCGGCCTGGTCa > 1:5669495/1‑150 (MQ=255) cTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGGGCGGCCTGGt < 2:5100984/145‑1 (MQ=255) cTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGGGCGGCCTGGTCAgcg > 1:1724752/1‑150 (MQ=255) cGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGTTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGGGCGGCCTGGTCAGCGcc < 2:4428561/150‑1 (MQ=255) gCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGGGCGGCCTGGTCAGCGCCAg < 1:2095599/150‑1 (MQ=255) | GGCCTTGTCGAGCTGGCCTGGCACCACCGGGGCCGCCAAGGGGGTATCCCAGACGTACAGGCTACCTGCGGGTGCCGGGAGGTCAGGCCATTGGCCCGGGGCTACCGGCAGCAGGCTGACGGCCAGCCCCAGCTGCGTGGCCCGCTCGGCGAGCAGGTCACGGCTGGTGATGGCGATCAGGGGGTGGGGCTGGGCGTCTGCGGCGAGCAGCAGGCACAGGTCGGGGCCTATGCCGGCCGGCTCGCCGGGGGTGACGGCGAAGCGCAGGGGCTTCACTGGGCGGCCTGGTCAGCGCCAG > NC_002947/488029‑488326 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |