Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 6,018,841 | G→A | 17.9% | intergenic (+41/+69) | xpt → / ← PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 6,018,841 | 0 | G | A | 17.9% | 368.4 / 64.7 | 157 | intergenic (+41/+69) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/90); new base A (12/16); total (51/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 |
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
GAAGTCGTTCCAGGGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCAT > NC_002947/6018692‑6018990 | gaAGTCGTTCCTGGGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCTGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTg < 1:5905364/150‑1 (MQ=255) aaGTCGTTCCAGGGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTgc < 2:4988677/150‑1 (MQ=255) gTCGTTCCCGGGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTgcag < 2:2803733/150‑1 (MQ=255) 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tCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCtt < 1:2504126/79‑1 (MQ=255) tCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGcc > 2:504869/1‑150 (MQ=21) cccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc < 2:5550302/150‑1 (MQ=255) cccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc < 2:5550303/150‑1 (MQ=255) cccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 2:5775647/1‑150 (MQ=255) ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGcccc > 1:855199/1‑150 (MQ=255) acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCaa > 1:6728261/1‑150 (MQ=255) acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCaa > 2:5918183/1‑150 (MQ=255) acaGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCaa > 1:2038572/1‑150 (MQ=25) acaGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCaa > 1:1612793/1‑150 (MQ=25) aGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACt > 2:4004003/1‑150 (MQ=255) aGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACt < 2:3950462/150‑1 (MQ=255) gTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGc > 2:6706682/1‑150 (MQ=255) gTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGc > 1:4955334/1‑150 (MQ=255) gcagcaCAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCAt > 2:4591340/1‑150 (MQ=255) | GAAGTCGTTCCAGGGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCAT > NC_002947/6018692‑6018990 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |