| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 6,028,164 | G→A | 6.5% | intergenic (+74/+70) | PP_5273 → / ← PP_5274 | oxidoreductase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,028,164 | 0 | G | A | 6.5% | 908.3 / 34.1 | 290 | intergenic (+74/+70) | PP_5273/PP_5274 | oxidoreductase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (144/127); new base A (5/14); total (149/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.14e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
CCTGGCGGCAAGCACCTGCGCTCGCCACTGCTGGCGCTGGGAATGCTGTGGCATCGCCTCAAAGAGCTGACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGAACAACAGGCCCTCCAGCGACCATCGTGTCAGTCCTTCCAGAAGGGTTTCCGCCCTTCGATCCGGGCCTGCTCCCAGCTCAGCCCGACATCGCGCAACTCGTCATCGG > NC_002947/6028016‑6028313 | ccTGGCGGCAAGCACCTGCGCTCGCCACTGCGGGCGCTGGGAATGCTGTGGCATCGCCTCAAAGAGCTGACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGt < 1:1216902/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCAAGCACCTGCGCTCGCCACTGCTGGCGCTGGGAATGCTGTGGCATCGCCTCAAAGAGCTGACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGc < 1:6208740/150‑1 (MQ=255) tggcAAGCACCTGCGCTCGCCACTGCTGGCGCTGGGAATGCTGTGGCATCGCCTCAAAGAGCTGACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCg > 1:6442157/2‑150 (MQ=255) 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gggAATGCTGTGGCATCGCCTCAAAGAGCTGACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTgg > 2:2503232/1‑150 (MQ=255) ggAATGCTGTGGCATCGCCTCAAAGAGCTGACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTggg < 2:1168728/150‑1 (MQ=255) aaTGCTGTGGCATCGCCTCAAAGAGCTGACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGa > 2:6536078/1‑150 (MQ=255) tGCTGTGGCATCGCCTCAAAGAGCTGACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGaac < 1:360121/150‑1 (MQ=255) cTGTGGCATCGCCTCAAAGAGCTGACTTGAAAGTCCCCATCCTTGTGGCAGCAACTGTCTTGCTTAAAATCTAAAAGCTGACGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCGGTGCAAGTTTCAAGTCTGGGGaacaa < 2:5157812/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |