Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 6,077,909 | G→A | 5.8% | P451L (CCG→CTG) | PP_5327 ← | phosphate ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 6,077,909 | 0 | G | A | 5.8% | 976.5 / 31.1 | 309 | P451L (CCG→CTG) | PP_5327 | phosphate ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (166/125); new base A (10/8); total (176/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
GGTGCATGATCTTCTGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCAGCAATGCCAGGG > NC_002947/6077760‑6078056 | ggTGCATGATCTTCTGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCg < 1:4352519/150‑1 (MQ=255) gCATGATCTTCTGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGc > 1:4685787/1‑150 (MQ=255) cATGATCTTCTGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCt > 1:363979/1‑150 (MQ=255) tcttatGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCa > 1:1777637/1‑150 (MQ=255) cttctGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCAt < 2:3090079/150‑1 (MQ=255) cttctGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCAt > 1:3737620/1‑150 (MQ=255) cttctGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCAt < 2:5692933/150‑1 (MQ=255) tctGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATgg < 2:2881930/150‑1 (MQ=255) tctGGTCCAGGTGCAGGTACGGGGAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATgg < 2:1331461/150‑1 (MQ=255) ctGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATggg > 1:2971544/1‑150 (MQ=255) ctGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCACCATGGCCAGCCCGGCCATgaa < 1:6693749/150‑3 (MQ=255) ctGGTCCAGGTGCAGGTACGGGGAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCAGCCCGGCCATgat < 2:4698675/150‑3 (MQ=255) tGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATGGGc > 2:3657894/1‑150 (MQ=255) ggTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATGGGCa < 1:6257529/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATGGGCa < 1:6135063/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTGTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATGGGCa < 1:6470820/150‑1 (MQ=255) ccAGGAGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACAAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATGGGCAGGa > 2:2439010/1‑150 (MQ=255) gTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCACCATGGCCGGGCTGGCCATGGGCAGGACGATTTTCca > 1:5955872/1‑150 (MQ=255) 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catccaCCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCt > 1:758722/1‑150 (MQ=255) catccaCCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCt > 1:1236348/1‑150 (MQ=255) atccaCCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGccgt > 1:5240862/1‑148 (MQ=255) atccaCCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCtt > 1:889526/1‑150 (MQ=255) atccaCCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCtt > 1:3447897/1‑150 (MQ=255) tccaCCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTg < 2:5596178/150‑1 (MQ=255) caCCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGt > 1:2367084/1‑150 (MQ=255) caCCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGt > 2:1211224/1‑150 (MQ=255) aCCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGtt > 2:4767497/1‑150 (MQ=255) ggCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTgcg < 1:639806/150‑1 (MQ=255) 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ggTCATCATGGCCGGGCTGGCCATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCAg > 1:3134399/1‑150 (MQ=255) tgcccatGGCCAGCCCGGCCATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCAGCa > 1:4049898/5‑150 (MQ=255) tgcccatGGCCAGCCCGGCCATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCAGCa > 1:5567381/5‑150 (MQ=255) tgcccatGGCCAGCCCGGCCATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCAGCa > 2:1876112/5‑150 (MQ=255) tgcccatGGCCAGCCCGGCCATGAGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCAGCa > 1:5196111/5‑150 (MQ=255) 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GGTGCATGATCTTCTGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGCCATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCAGCAATGCCAGGG > NC_002947/6077760‑6078056 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |